第二章染色体以及DNA2.pptVIP

第二节 DNA;一、DNA的结构与性质;（一）DNA的碱基组成;多聚核苷酸链中新生磷酸糖苷键的产生过程示意图;(1) 同一生物的不同组织的DNA碱基组成相同；;（二）DNA的结构（教材p.31-36）;表示一个核酸分子结构的方法由繁至简有许多种，一般约定，碱基序列的书写是由左向右书写，左侧是5′末端，右侧为3′末端。 ;2、DNA的二级结构------双螺旋结构模型(double helix model);（1）B-DNA的结构;第三、碱基位于双螺旋的内侧，两股链中的嘌呤和嘧啶碱基以其疏水的、近于平面的环形结构彼此密切相近，平面与双螺旋的长轴相垂直。一股链中的嘌呤碱基与另一股链中位于同一平面的嘧啶碱基之间以氢链相连，称为碱基互补配对或碱基配对(base pairing)，碱基对层间的距离为0.34nm。碱基互补配对总是出现于腺嘌呤与胸腺嘧啶之间(A=T)，形成两个氢键；或者出现于鸟嘌呤与胞嘧啶之间(G=C)，形成三个氢键。（如下图）碱基互补原则具有极重要的生物学意义。DNA复制、转录、反转录等的分子基础都是碱基互补配对。;第四、DNA双螺旋中的两股链走向是反平行的，一股链是5′→3′走向，另一股链是3′→5′走向。两股链之间在空间上形成一条大沟(major groove)和一条小沟(minor groove)，这是蛋白质识别DNA的碱基序列，与其发生相互作用的基础。;（2）A-DNA的结构;（3）Z-DNA分子的结构;;3、DNA的三级结构;①超螺旋（supercoil）:双股螺旋进一步盘旋形成的螺旋结构 松驰型DNA （relax form）。 超螺旋DNA ：负超螺旋 正超螺旋;②超螺旋的定量描述 White方程： L=T+W L（Linking number）：链环数或称拓扑环绕数，指cccDNA（covalently closed circlular DNA）中一条链绕另一条链的总次数。其特点是 L是整数； 在 cccDNA中任何拓扑学状态中其值保持不变； 右手螺旋对L取正值。;T（Twisting number）：缠绕数，DNA一条链绕另一条链的扭转数即双螺旋的圈数。 其特点是： (1) 可以是非整数； (2) 是变量； W（Writhing number）：扭曲数，即超螺旋数,指双螺旋分子在空间上相对于双螺旋轴的扭曲。特点是： （1）可以是非整数； （2）是变量； 超螺旋的量度可以用超螺旋密度λ来表示：λ=（L-T）/T 在天然DNA中， λ约为-0.05;③检测DNA三级结构的方法 密度梯度离心，凝胶电泳，电镜观察 不同类型DNA的三级结构及性质;DNA分子形成超螺旋的生物学意义，一是超螺旋DNA具有更紧密的形状，因此在DNA组装中具有重要作用；二是DNA的结构具有动态性，这有利于其功能的发挥，而DNA超螺旋程度的改变介导了这种结构的变化。B-DNA是一种热力学上的稳定结构，超螺旋的引入就提高了它的能量水平。负超螺旋的存在会影响DNA结构变化的平衡，具超螺旋的DNA能实现松弛态DNA所不能实现的结构转化。;（2）拓扑异构酶;（三）DNA序列的异质性与主要序列类型;②分散高度重复序列;2、中度重复序列;真核生物中有60-65%的基因属于低度重复序列或单拷贝序列。即序列不重复或只重复几次、十几次，重复序列长度大于1000 bp。此类序列携带大量能编码各种功能不同蛋白质的遗传信息，也有一些是基因间隔序列。;（四）DNA的理化性质与最常用的研究方法;DNA的纯度 A260/A280: dsDNA--1.8 pure RNA--2.0 protein--0.5;3、核酸的沉降特性;4、核酸的两性解离及凝胶电泳;（1）琼脂糖凝胶电泳;（2）聚丙烯酰胺凝胶电泳;5、DNA的变性和复性;当浓度都为50μg/ml时， Double strained DNA A260=1.00 Single strained DNA (完全变性DNA) A260=1.37 单核苷酸的等比例混合物 A260=1.60;（2） 熔解温度(Tm, melting temperature);Tm不是一个固定常数，它受以下因素影响 ;②DNA的均一性 DNA分子序列越均一，其变性过程同步性越好，Tm范围较窄，表现为一条很陡的溶解曲线。;④pH pH在5-9范围内，Tm变化不明显。当溶液pH小于4时，碱基A、G、C上的氮原子质子化；当pH大于11时，碱基G和C的氮原子去质子化，这些均不利于氢键的形成。;（3） DNA复性(renaturation);影响DNA复性的因素：;复性动力学公式;Cot曲线：复性的分数C/C0