基于高通量测序的无创产前诊断.pptVIP

2021/2/6 * 未来:胎儿全基因组测序 无创产前诊断的延伸 2021/2/6 * 未来:胎儿全基因组测序 2021/2/6 * 观察状态 隐藏状态 隐马科夫模型（hidden makov model) 2021/2/6 * 无创产前诊断的另一个方向 方向 原理 优势 缺点 血液游离DNA 基于高通量测序技术 操作简单,准确性高 目前只有21,13,18非整倍体比较成熟 母外周血胎儿游离有核红细胞 基于细胞捕获技术 无母源dna干扰,诊断项目更多,更快更便宜 红细胞分离比较少,对后期诊断技术要求比较高 2021/2/6 * 无创产前诊断的另一个方向 2021/2/6 * 高通量测序 生物信息分析 遗传学 无创新生儿疾病筛查 无创非整倍体筛查 2021/2/6 * 外周血游离DNA已经是一个领域 2021/2/6 * thanks for attention 2021/2/6 * 基于高通量测序技术的无创产前诊断 殷志明 上海市细胞治疗工程技术研究中心有限公司 2021/2/6 * 染色体非整倍体简介 无创产前基因检测背景介绍 无创产前基因检测方法学介绍 1. 大规模并行测序法 （BGI, BerryGenomics等） 2. 目标区域扩增测序法 （Natera,公司） 小结 2021/2/6 * 染色体疾病: 染色体疾病是染色体遗传病的简称。主要是指由于染色体数目、结构异常引起的疾病。其中最为常见的是21三体综合征（T21）、18三体综合征（T18）、13三体综合征（T13）三大染色体疾病。染色体疾病患儿多表现为智力低下、生长发育迟缓等,目前无有效治疗手段,由此给社会造成了沉重的经济负担,对家庭造成的心理负担和精神痛苦更是无法用金钱来衡量。 疾病名称 21三体综合征（T21） 18三体综合征（T18） 13三体综合征（T13） 临床特征 先天性智力障碍、生长发育迟缓并伴发多系统畸形 先天性智力低下、宫内发育迟缓、头小畸形、小或高腭、低耳位、短胸骨、手呈特殊握状等 先天性智力低下、宫内发育迟缓、多发畸形、小眼、兔唇、腭裂、前脑畸形、短颈、多指（趾）、头小畸形 发病率 1:600-1:800 1:3500-1:7000 1:5000-1:6000 发病原因 21号染色体三体 18号染色体三体 13号染色体三体 2021/2/6 * 出生缺陷的社会压力 2021/2/6 * 现有的产前检测技术 检测技术 孕周 描述 血清学筛查 11~13周 14~20周 5%假阳性 20%~40%漏诊率 颈项透明带 （NT）检测 11~14周 5%假阳性 20%~40%漏诊率 绒毛取样 10~13周 1%~3%流产率 羊水穿刺 16~21周 0.5%~1%流产率 脐静脉穿刺 20~28周 0.5%~1%流产率 无创DNA产前检查 12~26周 无流产风险 准确率99% 2021/2/6 * 金标准:核型分析 2021/2/6 * 2021/2/6 * 基于高通量测序的产前诊断 外周血肿瘤游离DNA 孕妇外周血胎儿游离DNA 2021/2/6 * 2021/2/6 * 游离DNA的发现 高通量测序-定量-定性 无创伤产前诊断 2021/2/6 * 基于高通量测序的产前诊断 1.全基因组低覆盖度测序 2.目标区域测序-基因分型 2021/2/6 * 数据分析: Base Calling以后得到36bp的短片段 利用Pipeline软件比对每条短片段分别属于几号染色体 统计各条染色体的读段数,计算21号染色体（胎儿+母体）在所有染色体读段数中所占的比例 利用SigmaStat统计学软件计算得出诊断结果 无创方法学示意 2021/2/6 * 发表的无创产前文章 证明性研究 Chiu RSparks A et al,AJOG,2008 WK et al,Proc Nati Acad Sci,2008 Fan Hc et al, Nati Acad Sci,2008 Chiu RWK et al,Clin Chem,2010 Sehnert AJ et al,Clin Chem,2011 大规模验证性研究 Chiu RWK et al, BMJ,2011 Ehrich M et al,AJOG,2011 Palomaki GE et al, Genet Med 2011 Bianchi DW et al,Obstet Gynecol 2012 Norton ME et al,AJOG,2012 2021/2/6 * 大规模平行测序法-关键点-文献解读 1.游离DNA的提取-建库 2.多少覆盖度的测序才能将非整倍体准确分离 3.胎儿游离DNA在母血中所占的比例 4.测序的gc 偏向性 5.