微生物的分类与鉴定.pptVIP

自动化鉴定技术 API数值鉴定系统 Enterotube系统 Biolog鉴定系统 程序: 培养?菌悬液?加入生化反应板?培养?自动扫描?自动鉴定?打印结果 API 50 CHB 鉴定芽孢杆菌 解淀粉芽孢杆菌·炭疽杆菌·坚实芽孢杆菌1·坚实芽孢杆菌2·环状芽孢杆菌1·环状芽孢杆菌2·凝固芽孢杆菌·坚固芽孢杆菌·缓慢芽孢杆菌·巨大芽孢杆菌1·巨大芽孢杆菌2·覃状芽孢杆菌·矮小芽孢杆菌·球形芽孢杆菌·嗜热芽孢杆菌·枯草芽孢杆菌·短芽孢杆菌·侧孢芽孢杆菌·蜂房芽孢杆菌·浸麻芽孢杆菌·多粘芽孢杆菌·粟褐芽孢菌·地衣芽孢菌· 阳性试验 阴性试验 传统的细菌分类鉴定程序 二、微生物分类鉴定现代方法 （一）遗传特征分类法 （G＋C)mol%含量 微生物DNA(G+C)mol％ 值的变化范围较广。 原核微生物:20～80％。 真核微生物:30～60％, 对某具体微生物而言, (G+C)mol%值恒定。 DNA(G+C)mol％只能排除微生物间GC比差别较大的不属于同一种,不能肯定(G+C)mol％相同的微生物同属一个种。 只能做否定判断; （ G+C）mol%值差别2,没有分类学意义。 （ G+C）mol%值差别5,属不同的种; （ G+C）mol%值差别10,属不同的属 2、核酸分子杂交（hybridization of nucleic acids） 可作肯定判断: 同种:DNA-DNA杂交同源性 ≥ 60% 同亚种:DNA-DNA杂交同源性 ≥ 70% 不同亚种:DNA-DNA杂交同源性 60~ 70% 同属:DNA-DNA杂交同源性 20~ 60% rRNA序列分析 16S或18S rRNA研究进化和分类的优点: 普遍存在,有共存性 生理功能重要且稳定 进化中的保守性高,rDNA稳定。 研究方法简便,重复性好。 根据相似性系数SAB的一般判断: SAB≥95 % ,判为同种微生物 SAB为85~95%,判为同属微生物 SAB≤85 %,判为不同属微生物 （二）化学特征分类法 细胞壁的化学成分 全细胞水解的糖成分 磷酸类磷脂 枝菌酸（Mycolic acid） 醌类 气相色普 （三）数值分类法（numerical taxonomy） 数值分类法 又称统计分类法（taxonomertic）是根据数值分析原理,借助计算机将拟分类的微生物按其大量表型性状的相似程度进行统计、归类的方法。 分类鉴定程序: 确定需分类鉴定的菌株和典型菌株（标准菌株） 操作分类单位（operational taxonomic unit） 选择需测定的分类单元的性状 特征性状越多越好和准确。 特征性状至少50各以上。 编码性状 计算相似度 系统聚类; 根据聚类结果鉴定菌株 相关性系数 简单匹配相关性系数Sam（simple matching coefficient） Jaccard相关性系数Sj(Jaccard’s coefficient) 还有很多系数 不同的相关性系数定义和意义不同,相同的数据采用不同的系数,结果不尽相同。 菌株编号 表征性状 a b c d 菌甲(OTU1) + + - - 菌乙(OTU2) + - + - 微生物分类学（microbial taxonomy） 是一门按微生物的等级关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群（taxon）的科学。 任务: 分类（classificontion） 鉴定（indentification） 命名（namendature） 发展趋势?微生物系统学 第十一章 微生物的分类与鉴定 第一节 通用的分类单元 一、种以上的系统分类单元 （一）7级分类单元（taxon category） 分类单元:又称分类单位、分类阶元或分类群 种以上的系统分类单元自上而下分为7级: 界（kingdom）（拉:Regnum） 门（Phylum）（拉:Phylum）或 Division（拉:Divisio） 纲（class）（拉:classis） 目（order）（拉:order） 科（Family）（拉:Family） 属（Genus）（拉:Genus） 种（Species）（拉:Species） 分类单元 （二）、种的概念 没有一个公认的、明确的“种”的定义。 种（species） 一个基本分类单元,为表型特征高度相似、亲缘关系及其接近的菌株的集合。 典型菌株（type strain） 具有种典型特征的代表菌株。 模式种（type species） 说法是否准确,争议很大,也很混乱。典型菌株的实体。有时典型菌株＝模式种。 新种（species nova,sp. nona 或nona sp.） 权威性的分类、鉴定手册中从没有记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。 新种发