几款软件构建生物进化树的方法比较.pdfVIP

生物进化树的构建 目 录 前言 2 一、 NCBI 6 二、 Mega8 三、 DNAMAN12 四、DNAStar16 五、 Bio edit19 前言 1．背景资料 进化树 (evolutionary tree)又名系统树 (phylogenetie tree)进化树，用来表示物种间亲缘关系远近的 树状结构图。在进化树中，各个分类单元（物种）依据进化关系的远近，被安放在树状图表上的不 同位置。所以，进化树简单地表示生物的进化历程和亲缘关系。已发展成为多学科 (包括生命科学中 的进化论、遗传学、分类学、分子生物学、生物化学、生物物理学和生态学 ,又包括数学中的概率统 计、图论、计算机科学和群论 )交叉形成的一个边缘领域。 归纳总结生物进化的总趋势有以下几类： ① 结构上：由简单到复杂 ② 生活环境上：由水生到陆生 ③ 进化水平上：由低等到高等 一般来说，进化树是一个二叉树。它由很多的分支和节点构成。根据位置的不同，进化树的节 点分为外部节点和内部节点，外部节点就是我们要进行分类的分类单元（物种）。而物种之间的进 化关系则用节点之间的连线表示。内部节点表示进化事件发生的地方，或表示分类单元进化的祖先。 在同一个进化树中，分类单元的选择应当标准一致。进化树上不同节点之间的连线称为分支，其中 有一端与叶子节点相连的分支称为外枝，不与叶子节点相连的分支称为内枝。 进化树一般有两种：有根树和无根树。有根树有一个鲜明的特征，那就是它有一个唯一的根节 点。这个根节点可以理解为所有其他节点的共同祖先。所以，有根树能可以准确地反映各个物种的 进化顺序，从根节点进化到任何其他节点只有能有一条惟一的路径。无根树则不能直接给出根节点， 无根树只反映各个不同节点之间的进化关系的远近，没有物种如何进化的过程。但是，我们可以在 无根树种指派根节点，从而找出各个物种的进化路径。 无根树 有根树 放射树 分子进化树 (以分子数据为依据构建的进化树 )不仅精确地反映物种间或群体间在进化过程中发 生的极微细的遗传变异 (小至一个氨基酸或一个核昔酸差异 )，而且借助化石提供的大分子类群的分化 年代能定量地估计出物种间或群体间的分化年代，这对进化论的研究而言无疑是一场革命。 序列比较是生物信息学中最频繁也是最有价值的工作。要知道一个序列 (结构 )与另一个序列 (结 构 )或者与一批序列 (结构)之间的差异， 唯一的途径就是序列 (结构 )的比较分析。 序列水平上的比较反 映的是字符串之间的差异，能够发现碱基序列或者氨基酸序列的保守模式。但是，在分子生物学中， 比较是多方面的，除了核酸或蛋白质序列的比较，也可以是结构的比较等。事实上，相差很大的序 列可以形成具有相同功能的分子。而结构水平上的比较更能反映功能上的差异，能够发现与功能紧 密相关的结构域。结构比较方面的工作都是围绕蛋白质及 RNA 展开的。 构建进化树的方法包括两种：一类是序列类似性比较，主要是基于氨基酸相对突变率矩阵（常 用 PAM250）计算不同序列差异性积分作为它们的差异性量度 （序列进化树）；另一类在难以通过序 列比较构建序列进化树的情况下，通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法 建立结构进化树。 三种主要的建树方法分别是 距离法 (distance method）、最大节约法（ maximum parsimony, MP ） 和最大似然法（ maximum likelihood ，ML ）。