分子生物学2第二章DNA结构.pptVIP

1、 影响DNA复性过程的因素 : ? 阳离子浓度 0.18 ~ 0.2M Na+ 可消除polydNTP 间的静电斥力 复性反应的温度 低于Tm值 25℃左右 (60-65℃) ? S.S, DNA 的初始浓度 C0 ? DNA 分子中, 碱基的排列状况 (随机排列, 重复排列) ? S.S. DNA分子的长度（片段的大小） S.S. DNA愈长 S.S. DNA愈短 → 分子扩散愈慢 → 复性愈慢 → 分子扩散愈快 → 复性愈快 3’-ATCTATGCTGTCAT-5’ 5‘-TAGATACGACAGTA-3’ 5‘-TAGATACGACAGTA-3’ 3’-ATCTATGCTGTCAT-5’ 3’-ATATATATATAT-5’ 5‘-TATATATATATA-3’ 3’-ATATATATATAT-5’ 5‘-TATATATATATA-3’ 5‘-TATATATATATA-3’ 3’-ATATATATATAT-5’ 3’-ATATATATATAT-5’ 5‘-TATATATATATA-3’ 二、C0t曲线－－复性发生过程的讨论 dCt / dt = KC02 反应初始 t = 0 ? 单链DNA的随机碰撞 过程（ randomly collision ） 单链 DNA浓度 = C0 反应达 t 时 单链DNA浓度 = Ct K＝复性速度常数 包括两个因素:DNA的浓度（C,mol/L）和时间(s) dCt / dt = KC02 积分 Ct / C0 = 1 / (1+KC0t ) 当 Ct / C0 = 1/2 时 Ct / C0 = 1/2 = 1 / (1+ KC0t(1/2)) K = 1 / Cot(1/2) Cot(1/2) = 1/K (mol. Sec / L) 常数 Ct/C0是C0t的函数 按此公式作图得C0t曲线 Ct/C0 0 1 C0t(1/2) C0t 基因组的复杂性＝单一序列的长度＋重复序列的长度 复杂性的单位为核苷酸的数目 例如:含单一序列a, b, c, d 复杂性＝a+b+c+d 复杂性＝分子量 含106a, 103b, 10c, d 复杂性＝a+b+c+d 复杂性＜＜分子量 ?基因组的复杂性(genomic complexity) 复杂性 * C0t和DNA的复杂性间存在线性关系: the more complex a DNA, the higher its Cot(1/2) 1 :10－6 2×105 :0.4 2×109 :4000 A typical mammalian C0t curve has three plateaus * C0t曲线能解释单一来源的DNA所具有的不同复杂性部分 真核生物的基因组由 高度重复（highly repetitive)序列、 中度重复（moderately repetitive or mid-repetitive) 序列 单一（single copy)序列组成 四、富含A－T序列和DNA双螺旋结构的呼吸作用 ●? 高等生物染色体的某一区段,A·T含量变化很大 很多有重要调节功能的的DNA区段都富含A·T （原核、真核－－ 复制起点、 启动子、终止子等区域） ●?? DNA双螺旋结构的呼吸作用:DNA双螺旋结构内部, 配对碱基的氢键的迅速断裂和再生的过程 ●?? DNA内富含A·T区段呼吸作用尤为明显 这对于某些特殊的蛋白质与DNA发生反应并阅读链 内部的信息具有重要作用 第五节 超螺旋和拓扑异构 一、超螺旋（superhelix OR supercoil） ●?最早在SV40和多瘤病毒 中发现 ● 超螺旋是所有线性或环 形DNA的共有的重要特征 The supercoils of the SV40 minichromosome can be relaxed to generate a circular structure, whose loss of histones then generates supercoils in the free DNA. 1、 超螺旋结构的方向性 B-DNA 紧缠overwinding (右旋) 正超螺旋（positive supercoiled ） 导致左手超螺旋 以一根绳子做实验: 原来的绳子的两股以右旋方向缠绕;在绳子的一端向