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富集差异气泡图小工具说明文档
功能:
利用富集分析结果绘制富集差异气泡图,包含GO/KEGG/DO/Reactome四种数据类型。
输入:
输入文件:
格式:文件必须是带有表头的以tab分隔的.txt格式文件,表格名称以字母、数字、下划 线组成,不可以有后缀名称;
绘图方式:以列号形式读取数据,规定第4列为差异上调基因数目,第5列为差异下调 基因数日,第6列为P/Q值,筛选P/Q值最小的前20行数据绘制气泡图。
文件类型:
Typel:包含6列数据
第1列:一级/A级分类
第 2 列:GO/KEGG/DO/Reactome 注释 ID 号
第 3 列:Term/Pathway 名称
第4列:属于这个通路的差异上调基因数
第5列:属于这个通路的差异下调基因数
第6列:富集分析的P值/Q值
注:最终绘制的图中,横坐标up-down normalization=(差异上调基因数■差异下调基因数)/
(差异上调基因数+差异下调基因数)
表格如下表所示:
GO数据库
class
ID
Descrption
Up
Down
Pvalue
Biological Process
G0:0007155
cell adhesion
50
21
2. 83E-26
Biological Process
GO:0022610
biological adhes
50
21
2. 83E-26
Biological Process
GO:0044403
symbiosis, encon
23
25
6. 57E-19
Biological Process
GO:0044419
interspecies int
23
25
6. 57ET9
Biological Process
GO:0051704
multi-organism p:
23
25
6. 57E-19
Biological Process
GO:0030198
extracellular ma
18
12
4. 73E-17
Biological Process
GO:0043062
extracellular st:
18
12
4. 73E-17
Biological Process
00:0006928
movement of cell
38
20
3. 50E-15
Biological Process
GO:0048870
cell motility
38
20
3. 50E-15
Biological Process
GO:0051674
localization of
38
20
3. 50E-15
Biological Process
GO:0040011
locomotion
41
21
Biological Process
GO:0008283
cell proliferati
40
27
2. 08E-14
Biological Process
GO:0048646
anatomical struc
29
17
2. 59E-14
Biological Process
GO:0034330
cell junction or
15
9
7. 44E-14
Biological Process
GO:0048856
anatomical struc
76
47
7. 28E-13
Biological Process
GO:0032502
developmental pr
77
50
Biological Process
GO:0006950
response to stre
60
35
2. 83E-12
Biological Process
GO:0002376
immune system pr
60
19
9. 54E-12
Biological Process
GO:0009653
anatomical struc
36
21
Biological Process
GO:0008219
cell death
37
27
2. 26E-11
KEGG数据库
class ID
Desorption
Up
Down
Pvalue
EnvironmGko04512
ECM-receptor intei
9
3
Cellular ko04510
Focal adhesion
6
9
Human Disko05222
Small cell lung cs
6
2
Human Disko05165
Human papillomavii
12
4
Human Disko05412
Arrhythmogenic ri|
6
1
Human Disko05133
Pertussis
3
4
0rganismsko04610
Complement and coe
5
2
Environ
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