用于地中海贫血检测的探针、基因芯片及制备方法和应用发明专利.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 109280701 A (43)申请公布日 2019.01.29 (21)申请号 201710600785.X C12N 15/11(2006.01) C12N 15/10(2006.01) (22)申请日 2017.07.21 (71)申请人 深圳华大基因股份有限公司 地址 518083 广东省深圳市盐田区洪安三 街21号华大综合园7栋7层-14层 申请人 南方医科大学 (72)发明人 赵素敏　徐湘民　彭智宇　商璇　 茅矛　叶宇华　郭俊甫　魏小凤　 阿叁　张倩倩　袁媛　陈超　 郭凤禹　李云　陈仕平　卢森　 (74)专利代理机构 深圳鼎合诚知识产权代理有 限公司 44281 代理人 彭家恩　罗瑶 (51)Int.Cl. C12Q 1/6883(2018.01) 权利要求书2页 说明书10页 序列表10页 附图2页 (54)发明名称 用于地中海贫血检测的探针、基因芯片及制 备方法和应用 (57)摘要 本申请公开了一种用于地中海贫血检测的 探针、基因芯片及制备方法和应用。本申请的用 于地中海贫血检测的探针的制备方法，包括根据 不同地中海贫血基因、修饰基因和不同突变，构 建捕获区间库；据此设计捕获探针；捕获区间库 包括，alpha基因簇和beta基因簇所有珠蛋白基 因及其重要调控区域全长片段、已有记录的断点 突变位点、缺失突变中选取的SNP位点，和地贫修 饰基因上的SNP位点。本申请的制备方法，针对地 贫所有基因簇及其相关基因进行探针设计，使探 针能覆盖所有地贫基因突变。结合Tn5建库和高 A 通量测序，不仅能覆盖所有突变，而且操作简便、 1 通量高、成本低，适于地贫大规模人群诊断与筛 0 7 0 查，以及新的未知基因突变的研究和预测。 8 2 9 0 1 N C CN 109280701 A 权　利　要　求　书 1/2页 1.一种用于地中海贫血检测的探针的制备方法，其特征在于：包括根据不同地中海贫 血基因、修饰基因和不同突变，构建捕获区间库；根据所述捕获区间库设计捕获探针，对所 述捕获区间库进行高质量和高效率的捕获； 所述捕获区间库包括以下区域， (a)alpha基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBA1、HBA2、HBZ、HBQ1、HS-40区 域，和5’HVR、HVR、3’HVR，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域； (b)beta基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBB、HBD、HBG1、HBG2、HBE1、LCR  HS-1、LCR HS-2、LCR HS-3、LCR HS-4和LCR HS-5，针对以上基因全长片段并将其向外延伸 70bp作为目标捕获区域； (c)以已有记录的缺失型alpha地贫突变断点及缺失型beta地贫突变断点作为目标捕 获区域； (d)以已记录的缺失型alpha突变所涉及的最大的缺失范围为目标，在其范围内，每隔 1kb选取1个SNP位点，所选SNP位点在dbSNP中记录的MAF在0.3-0.5之间，同时，所选SNP位点 所在序列在基因组上无其它高度同源序列，以所选的SNP位