计算生物学讲座.pptx

计算生物学讲座;基本概念 主要类容 数据库 序列比较 RNA二级结构预测 外源基因高效表达数学模型 蛋白质结构预测 进化树构建 基因预测：coding region, noncoding RNA genes 基因表达谱分析 计算工具：数据挖掘、模式识别等 BioSun软件介绍;What is computational biology;计算生物学定义;组成部分;数据库;序列比较;序列比较中的基本参数;Needleman-Wunsch算法;RNA二级结构预测;为什么要研究RNA二级结构预测;RNA二级结构中的基本结构;;RNA二级结构自由能计算;自由能计分系统;自由能计算;RNA二级结构预测方法分类;Dynamic programming algorithms;Zuker’s Minimum free energy ;Kinetic folding algorithms; 如果不考虑所有可能的折叠路径，尽管 动力学折叠算法以最低自由能为目标去模 拟RNA二级结构，并不能保证最终获得的结 构为最低自由能结构。;Genetic algorithms; 对RNA二级结构预测来说，由于已有动 态编程算法来求RNA的最低自由能结构，所 以，可视遗传算法为动力学折叠算法的一 种。;Comparative methods;收集来自不同物种的具有相同功能的RNA序列;两种最低自由能预测方法比较;哪一个结构最好;我们的工作;螺旋区;一级螺旋区概念;螺旋区之间的关系;RNA二级结构预测 ;中心思想;RNA二级结构预测的主要步骤;Phe-tRNA的三叶草结构 ;Phe-tRNA的最低自由能结构 ;基于1161tRNA序列的RS, HD和MFold比较;主要结论;BJRNAFold程序;外源基因高效表达 数学模型构建; 实现外源基因在原核系统或真核系统 的高效表达具有重要的理论和实际意义。 如一些重要的细胞因子，在体内含量甚 微，单靠提取方法，难以获得足量的细胞 因子，从而阻碍了结构与功能关系研究， 更谈不上临床的大规模应用。; 目前，有一些指导性原则可用于外源 基因的高效表达设计，如利用表达系统的 优势密码子替换外源基因中的稀有密码子 或改变RNA二级结构以提高表达水平，但 是，这些原则都是定性的，其次，这些因 素是分别考虑的，没有综合考虑这些因素 的共同作用。; 当时，国内的情况是：国内科学家自 己组建的原核高效表达载体pBV220，自构 建以来，得到了广泛应用，利用该载体已 成功实现了多种细胞因??等外源基因的高 效表达，但也有表达水平比较低的情况， 给我们提供了丰富的数据资源。所以，我 们以之为基础，来定量研究外源基因表达 水平与其他因素之间的关系。 ;数据收集;方法 ;RNA二级结构与高(低)表达关系; 为了确定与高(低)表达具有显著性统计学意 义的区域，我们围绕起始密码子AUG和终止密码 子TAA附近，随机选取了多个片段，并运用基于 螺旋区随机堆积的RNA二级结构预测方法，分析 了每个片段的二级结构，然后运用判别分析方法 考察每个片段二级结构自由能与高 (低)表达之 关系，结果发现三个区间 [21,89],[23,95]和 [28,93]的自由能与高(低)表达具有显著的统计 学意义,结果见下表。; 表: 区间选取与高(低)表达之间关系 ───────────────────── 区间 F值 概率 判别符合率 ───────────────────── [21,89] 9.7195 0.0012 　90.5% [23,95] 10.4115 0.0009 86.4% [28,93] 7.2998 0.0044 73.5% ───────────────────── ;5`和3`端联合判别函数;5`端判别函数;3端判别函数: LES3=-0.0535*G3^2-1.0971*G3- 6.7433 (5) HES3=-0.2130*G3^2-5.6572*G3-37.9814 (6) 统计量F=9.4318, P≤0.006,判别符合率为 68.2%。;5`和3`端条件;SD序列、ATG与TAA在二级结构中位置与高(低)表达关系; 通过SAS软件分析,AUG,SD与TAA 在 二级结构中参与配对的碱基数目与高