gromacs文件介绍and一些杂知识要点.pdfVIP

（1）gromacs(GMX) 各种文件格式详细，可以查阅 GROMACS 手册第 5 章第 6小节，以下为简要介绍。 CPT 文件 ：该文件为模拟断点文件（ check point ，.cpt）。该文件为模拟过 程固定时间间隔产生， 保存模拟系统所有信息。 该文件一部分可以在能量 文件（ .edr）找到，一部分可以在双精度轨迹文件（ .trr ）中找到。如果模 拟不幸因为外界条件中断（如断电，模拟人发脾气砸电脑等） ，可以使用 该文件重新在断点处开始模拟， 以节省模拟时间。 同时也可以依靠该断点 文件开始，并延长模拟计算（见 tpbconv ）。 EDR 文件 ：系统能量文件（ energy， .edr）。该文件记录模拟输入文件中 定义的能量组的各种相互作用能量等。 EPS 文件 ：封装文件格式（ .eps），并不是 GROMACS