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三代基因组测序技术原理简介 【写在前面的话】：首先，这一篇博文中的内容并非原创，而是对多篇文献中内容的直接摘录，有些图片和资料还 来自身边的同事（在此深表谢意！），再夹杂自己的零星想法，写在这里分享与大家，同时也是为了方便自己日后 若有需要能够方便获得，文章比较长。 1 摘要： 从 1977 年第一代 DNA 测序技术 （Sanger 法） ，发展至今三十多年时间， 测序技术已取得了相当大的发展， 从第一代到第三代乃至第四代，测序读长从长到短，再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全 球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置，但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中快速发展着。测序技 术的每一次变革，也都对基因组研究，疾病医疗研究，药物研发，育种等领域产生巨大的推动作用。在这里我主要 对当前的测序技术以及它们的测序原理做一个简单的小结。 图 1： 测序技 术的发 展历程 生命体 遗传信 息的快 速获得 对于生 命科学 的研究 有着十分重要的意义。以上（图 1）所描述的是自沃森和克里克在 1953 年建立 DNA 双螺旋结构以来，整个测序技 术的发展历程。 第一代测序技术 第一代 DNA 测序技术用的是 1975 年由桑格（ Sanger ）和考尔森（ Coulson ）开创的链终止法或者是 1976-1977 年由马克西姆（ Maxam ）和吉尔伯特（ Gilbert ）发明的化学法（链降解） . 并在 1977 年，桑格测定了第一个基因 1 组序列，是噬菌体 X174 的，全长 5375 个碱基 。自此，人类获得了窥探生命遗传差异本质的能力，并以此为开端 步入基因组学时代。研究人员在 Sanger 法的多年实践之中不断对其进行改进。在 2001 年，完成的首个人类基因 组图谱就是以改进了的 Sanger 法为其测序基础， Sanger 法核心原理是：由于 ddNTP 的 2’和 3’都不含羟基，其在 DNA 的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断 DNA 合成反应，在 4 个 DNA 合成反应体系中分别加 入一定比例带有放射性同位素标记的 ddNTP （分为：ddATP,ddCTP,ddGTP 和 ddTTP ），通过凝胶电泳和放射自 显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的 DNA 序列（图 2 ）。这个 网址 为 sanger 测序法制作了一个小短片， 形象而生动。 值得注意的是，就在测序技术起步发展的这一时期中，除了 Sanger 法之外还出现了一些其他的测序技术，如焦磷 酸测序法、链接酶法等。其中，焦磷酸测序法是后来 Roche 公司 454 技术所使用的测序方法 2 –4 ，而连接酶测序法 是后来 ABI 公司 SOLID 技术使用的测序方法 2,4 ，但他们的共同核心手段都是利用了 Sanger 1 中的可中断 DNA 合 成反应的 dNTP 。 图 2 ：Sanger 法测序原理 第二代测序技术 总的说来，第一代测序技术的主要特点是测序读长可达 1000bp ，准确性高达 99.999% ，但其测序成本高，通量低 等方面的缺点，严重影响了其真正大规模的应用。因而第一代测序技术并不是最理想的测序方法。经过不断的技术 开发和改进，以 Roche 公司的 454 技术、 illumina 公司的 Solexa ，Hiseq 技术和 ABI 公司的 Solid 技术为标记的第 二代测序技术诞生了。 第二代测序技术大大降低了测序成本的同时， 还大幅提高了测序速度， 并且保持了高准确性， 以前完成一个人类基因组的测序需要 3 年时间， 而使用二代测序技术则仅仅需要 1 周， 但在序列读长方面比起第一 代测序技术则要短很多。表 1 和图 3 对第一代和第二代测序技术各自的特点以及测序成本作了一个简单的比较 5 ， 以下我将对这三种