代谢组学技术及其在低剂量辐射生物效应中的应用PPT课件.ppt

代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科，是系统生物学的重要组成部分。 基因组学和蛋白质组学分别从基因和蛋白质层面探寻生命的活动，而实际上细胞内许多生命活动是发生在代谢物层面的，如细胞信号释放（cell signaling），能量传递，细胞间通信等都是受代谢物调控的。代谢组学正是研究代谢组（metabolome）——在某一时刻细胞内所有代谢物的集合——的一门学科。基因与蛋白质的表达紧密相连，而代谢物则更多地反映了细胞所处的环境，这又与细胞的营养状态，药物和环境污染物的作用，以及其它外界因素的影响密切相关。 因此有人认为，“基因组学和蛋白质组学告诉你什么可能会发生，而代谢组学则告诉你什么确实发生了。”（Bill Lasley, UC Davis） 代谢组学利用高通量、高灵敏度与高精确度的现代分析技术，动态跟踪细胞、有机体分泌出来的体液中的代谢物的整体组成，借助多变量统计方法，来辩识和解析被研究对象的生理、病理状态及其与环境因子、基因组成等的关系。 “代谢组学”是一种整体性的研究策略，其研究策略有点类似于通过分析发动机的尾气成分，来研究发动机的运行规律和故障诊断等的“反向工程学”的技术思路。由于代谢组学着眼于把研究对象作为一个整体来观察和分析，也被称为“整体的系统生物学”。 * 代谢组学的研究内容 根据不同的研究对象和研究目的, 将生物体系的代谢产物 分析分为 4 个层次 : 1）代谢物靶标分析—对某个或某几个特定组分的分析。在这个层次 中,需要采取一定的预处理技术除掉干扰物 ,以提高检测的灵敏度。 2）代谢轮廓( 谱) 分析—对少数所预设的一些代谢产物的定量分析。 如某一类结构 、性质相关的化合物, 某一代谢途径的所有中间产物或多 条代谢途径的标志性组分。 3）代谢组学—在限定条件下对特定生物样品中所有内源性代谢组分 的定性和定量分析。 4）代谢指纹分析—不具体鉴定单一组分 , 而是通过比较代谢物指纹 图谱的差异对样品进行快速分类。 代谢组学研究技术 2 研究方法和步骤 样品制备：足量的代表性样品（-80℃保存） 2.样品分析：常用色谱-质谱联用、NMR 3.数据分析： PCA、 PLS、 ANN 4.代谢途径分析：代谢轮廓分析和代谢组学分析 * 代谢物分离鉴定技术 液相与质谱联用技术( LC-MS) 气相与质谱联用技术( GC-MS) 核磁共振技术( NMR) 一般来说,选择代谢物组学分析方法时,其原则是要同时考虑仪器和技术的检测速度、选择性和灵敏度,找到一种最适合目标化合物的方法。 化学分析技术中最常用的是1H核磁共振(1HNMR)以及色谱质谱联用(X-MS)，如气相色谱耦联质谱(GC/MS)、液相色谱耦联质谱(LC/MS)和毛细管电泳耦联质谱联用技术 (CE/MS)来分析研究代谢物并为其绘制图谱。这些技术的耦联可以提高对样品的分辨率、敏感性及选择度,有利于对更多的生物体系内的代谢物绘制图谱。 代谢物分离鉴定技术 代谢组学数据分析 Tao X.M., et al. Anal Bioanal Chem., 2008, 391:2881-2889 Total ion chromatogram 代谢组学数据分析 (1) Filtering and peak detection 滤噪、峰检测 (2) Deconvolution 重叠峰解析 （3）Peak alignment 峰对齐、匹配 （4）Normalization 归一化 代谢组学数据分析 代谢组学研究相关数据库 在低剂量辐射效应中的应用 3 早期抑制糖分解及丙酮酸脱氢酶 晚期影响脂代谢，促进炎症反应 小鼠 出生第十天 七个月后处死 主要涉及通路：代谢、炎症反应和细胞骨架通路 代谢组学的问题和展望 庞大数据的处理问题——如何建立合理有效的数据分析平台 数据的解释问题——如何判断代谢组分析结果与基因的表达或阻遏的对应 低浓度代谢物的分析——如何富集低浓度代谢物而不引起试验误差 代谢组学和其它组学的拟合 商品化的数据软件和图谱库缺乏、不完善 细胞代谢的瞬时状态较难反映 代谢组学的发展仍处于初始阶段，在方法学和应用两方面均面临极大的挑战，需要其他学科的配合和交叉。 Thank you！ * 代谢组学技术及其在低剂量辐射生物效应中的应用 主要内容 代谢组学概述 1 代谢组学研究技术 2 在低剂量辐射效应中的应用 3 代谢组学概述 1 人类基因组以及多种模式生物、重要生物基因组全 序列的完成，标志着生命科学研究进入所谓的“后基因 组时代 (Postgenome era)