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适用标准文案 —— 以 灵 长 目 动 物 溶 菌 酶 编 码 基 因 适 应 性 进 化 分 析 为 例 解 读  PAML 与 Branch m Branch Model 文档大全 适用标准文案 1.什么是 Branch model ？ Branch model 是 PAML 软件 CODEML 程序中经过 likelihood ratio test （LRT）进行不一样支系间（ lineages ）适应性进化检测的一种模型。该模型经过限制（ constraint ）系统发育树中不一样分支上的 omega(dN/dS) 值的异同，并对不一样的限制进行明显性剖析（ PAML 软件中的 Chi2 程序），从而获得较为靠谱地剖析结果。 在该法提出以前，许多学者经过简洁法（ parsimony method ）或许似然法（ likelihood method ）先重修先人序列 ancestral sequence ），而后经过对建立的先人序列的 omega 值 估量从而展望不一样支系的适应性进化特点。诸如 Prof. Messier 等对 于灵长目动物溶菌酶的剖析即是这样。 Prof.Yang 以为，从统计学的角度而言，这类将展望的数据当成真切观察数据的剖析理念存在 必定的随机偏差（ random errors ）和系统偏差 (systematic errors), 自己其实不是一种谨慎的统计学方法。 Prof.Yang 所提出的 Branch model 奇妙地避开了直接利用 ancestral sequence 进行支系间适应性进化检测的流程，而是经过均匀统计每一个节点（ each node ）中可能的 ancestral sequence ，依据其 相对发生似然率 （relative likelihoods of occurance ）进行加权剖析。别的， Branch model 还考虑到了 take into account ）密码子转移 / 颠换速率偏差 （transition/transversion rate bias ）和非均匀密码子 文档大全 适用标准文案 nonuniform condon usage ）这些与 omega 值计算有着明显关系的影响要素。 2.Branch model 中存在哪些假定模型，在 CODEML 程序的 control file 文本中怎样选择？ Branch model 主假如对系统发育树中的不一样支系的 omega 值的异质性进行界定，主要的 model 有： one-ratio model ，即系统发育树中全部支系的 omega 值是相等的； free-ratio model ，该模型指的是系统发育树中全部支系的 omega 值是不相等的。这两个假定是不一样支系 omega 取值的两个极限。别的，还能够设定远景枝（ foreground clade ）,假定其与其余支系（又称背景枝 background clade ）的 omega 值不一样。远景枝能够依据需要设置多个。 在 control file 中， Model=0 表示 one-ratio model ， Model=1 表示 free-ratio model. Model=2 表示系统发育树中不 同 omega 值得个数，此中所选择远景枝的个数为 (n-1) 。值得注意的是，当设置 Model=2,3 ， ，n 时，需要在 tree file 中标志所要设置的远景枝，能够标志一个，也能够标志多个。树标志格式如 下所示： ((1, 2), 3) #1, 4, 5); 该 tree file 表示 Clade 1 ，2 and 3 为远景枝，其对应的 omega 值为ω 1（用 #1 表示），其余 Clade 为背景枝，对应的 omega 值为ω0 （用#0 指定，但在 PAMl 软件中， #0 为默认值，故不需要在树中注明） 。在 result file mlc 文件中，我们能够获得两个不一样的 omega 值。 3.经过 Branch Model 能够获得什么样的结论？ 3.1 不一样支系间的 omega 值能否明显不一样 文档大全 适用标准文案 这主要经过比较 one-ratio Model 和 free-ratio Model 对应的 likelihood values 的差异进行说明。 3.2 远景枝和背景枝的 omega 能否明显不一样 这主要经过比较 one-ratio Model 和 two-ratio Model 的 likelihood values 进行说明。 3.3 远景枝的 omega 值能否明显大于 1 （greater than one ） 这主要经过比较 two-ra