《生物医学软件开发技能》教学大纲（本科）.docxVIP

PAGE PAGE 142 生物医学软件开发技能 一、课程简介 本课程是一门以实践为主的课程。在理论方面，主要概括性的介绍软件开发相关概念，以及生物医学软件开发相关概念。在实践方面，要掌握JAVA接口、JAVA输入输出流、JAVA工厂模式、 JAVA消息推送模式、JSP技术、Servlet技术、JavaScript技术、HTML技术、数据存储在生物信息学领域的应用、统计分析在生物信息学领域的应用、数据挖掘在生物信息学领域的应用、可视化技术在生物信息学领域的应用。本课程的学习有利于加深对生物医学软件的理解、提高对生物医学软件开发的认识，为今后设计并开发相关软件打下扎实的基础。 本课程的教学目的在于：培养学生分析问题和解决问题的能力；帮助学生熟悉常用的软件工具；帮助学生熟悉常用的生物信息软件工具；帮助学生熟悉常用的统计学算法及相关工具；帮助学生熟悉常用的数据库技术及相关应用；帮助学生熟悉常用的可视化技术及相关应用；引导学生体将相关技术应用于生物数据领域。 二、理论教学内容 软件开发概述 了解内容：了解软件开发的背景；了解软件开发概念及任务；了解软件开发的流程；了解软件开发面临的问题和挑战等。 生物医学软件开发概述 掌握内容：JAVA面向对象特征、设计模式、JSP概念、Servlet概念、JavaScript概念、HTML概念、生物医学本体概念。 了解内容：JAVA的发展史、本体的层次结构。 三、实验教学内容 JAVA接口 基本内容：JAVA接口的定义。 基本要求：了解JAVA定义接口的方式、意义等，掌握常规的接口定义、扩展等。 JAVA输入输出流 基本内容：JAVA不同形式的输入输出。 基本要求：了解JAVA中常用的流，熟悉JAVA输入输出流，并应用接口技术对JAVA的输入输出流进行扩展。 JAVA工厂模式 基本内容：JAVA的设计模式之工厂模式。 基本要求：了解JAVA的设计模式，掌握三种常见的工厂模式，以及其在连接数据库中的具体应用。 JAVA消息推送模式 基本内容：JAVA的设计模式之消息推送。 基本要求：了解JAVA的设计模式，掌握JAVA消息推送模式，以及消息推送在当前的应用。 JSP技术 基本内容：JSP技术特点。 基本要求：了解Web编程技术，掌握JSP技术，包括：数据持久化模式（JAVA Bean）、数据访问模式（JDBC）、数据传输模式（XML）等。 Servlet技术 基本内容：Servlet技术特点。 基本要求：了解Web编程过程的多种语言之间的衔接技术。掌握Servlet的生命周期、掌握 Servlet数据传输规则、掌握Web数据解析技术等。 7.JavaScript技术 基本内容：JavaScript语法。 基本要求：了解脚本语言。掌握JavaScript语法、JavaScript的功能、JavaScript与前台交互规则、JavaScript与后台交互规则。 HTML技术 基本内容：HTML特征以及语法。 基本要求：了解网页语言。掌握HTML、HTML5.0、HTML与JavaScript之间的交互。 数据存储在生物信息学领域的应用基本内容：数据库设计与开发。 基本要求：了解数据存储的意义。掌握生物数据库设计模式、数据存储规则、数据访问方式等。 统计分析在生物信息学领域的应用基本内容：统计分析软件的使用。 基本要求：了解统计分析技术。掌握常见的统计分析方法以及相关方法在生物信息学领域的应用。 数据挖掘在生物信息学领域的应用基本内容：数据挖掘算法及实现。 基本要求：了解数据挖掘算法。掌握常见的数据挖掘算法以及相关算法在生物信息学领域的应用。 可视化技术在生物信息学领域的应用基本内容：可视化技术及软件。 基本要求：了解可视化技术。掌握常见的可视化技术以及相关技术在生物信息学领域的应用。 四、参考资料 《Web程序设计》.陶永久 曹仰杰.清华大学出版社.2015年 《医学统计学》.颜虹 徐勇勇.人民卫生出版社.2015年 五、学时分配 序号 教学内容 参考学时 总学时 理论学时 实验学时 1 JAVA 接口 12 0 12 2 JAVA 输入输出流 12 0 12 3 JAVA 工厂模式 12 0 12 4 JAVA 消息推送模式 12 0 12 5 JSP 技术 12 0 12 6 Servlet 技术 12 0 12 7 JavaScript 技术 12 0 12 8 HTML 技术 14 2 12 9 数据存储在生物信息学领域的应用 12 0 12 10 统计分析在生物信息学领域的应用 12 0 12 11 数据挖掘在生物信息学领域的应用 12 0 12 12 可视化技术在生物信息学领域的应用 10 2 8 合计 144 4 140