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miRNA靶基因预测技术服务事项 mirna靶基因预测技术服务事项---上海科研技术共享服务平台 一、 原则： mirna是一类广泛存在于真核生物中的内源性非编码rna，长度在19~24nt之间，在转录后水平上通过调节其吧靶基因行使功能。其表达具有组织特异性和时空特异性，并能够精确地调节基因的表达。据估计，人类有1/3的基因受到mirna的调控。研究mirna生物学功能和作用机制的关键是准确识别mirna的靶基因。mirna通过结合risc并作用mrna的3’utr上，降解其靶mrna或抑制其靶mrna的翻译，广发参与与细胞的增值分化、发育凋亡等多种生物学过程，并对多种疾病的产生有重要的影响。但是到目前为止，仅有少量的mirna靶基因得到了实验证实，仍旧有很多mirna的靶基因不能确定，导致这些mirna的功能不能得到充分的研究。因此，如何快速准确地鉴定mirna的靶基因是当前研究的一个重要的挑战。靶基因的识别对认识mirna的功能、参与的生物学过程和疾病的发生，以及最终将mirna用于临床实践具有十分重要的意义。二．基于序列的mirna靶基因预测 尽管目前基于序列的miRNA靶基因预测算法有所不同，但它们通常遵循以下原则：1.miRNA的“种子区”与mRNA的3′UTR序列的碱基互补；2.多物种间目标序列的保守性；3.miRNA和mRNA形成的双链结构的热力学稳定性；4.靶基因二级结构和靶外序列对靶基因预测的影响。 基于以上的原则，目前常见的mirna靶基因预测算法一般包括以下三个步骤：1.在mrna的3‘utr上的探求和mirna”种子区”完全互补的序列；2.计算mirna和这些序列结合产生的自由能下降值，对靶点进行筛选；3.对靶点进行物种间的序列比对，利用靶点的物种保守性进一步筛选。 靶基因外的序列在miRNA对靶基因的调控中也起着重要作用。靶基因后的序列在miRNA和靶基因的鉴定中起着重要作用。该序列的图片将显著降低miRNA对靶基因的调控，并完全删除该序列，完全消除靶基因的调控。在miRNA调控靶基因的过程中，靶基因外的其他序列甚至整个3’UTR序列都起着关键作用。这些序列可能是RNA结合蛋白的作用位点。3、 基于表达信息或实验结果预测miRNA靶基因 在最初的研究中，认为mirna结合在mrna的3′utr上抑制mrna翻译成蛋白质，减低蛋白质丰度，并不会影响到相应mrna的表达水平。但现在已经认为：在许多情况下，mirna还能直接对mrna的表达产生影响。目前已经开发了整合表达信息的mirna靶基因预测算法，并证明了表达信息在mirna靶基因预测的重要价值。 四、 整合已知信息预测miRNA靶基因 在当前的mirna靶基因预测研究中，研究人员逐步意识到单一依靠序列信息或表达信息已经不足以提高 一、 多数据库综合预测 依据实际情况，选择合适的数据库进行靶基因预测。 表1 miRNA靶基因预测数据库 数据库targetscan 可预测物种 人、小鼠、大鼠、狗、鸡、黑猩猩、恒河 猴子，牛，袋鼠，青蛙 介绍 基于靶mRNA序列的进化保守性，寻找动物的microRNA靶基因。这是一个预测microRNA靶点低假阳性率的软件。这是microRNA领域的一头公牛 bartel实验室开发的。 米兰达 人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫 由著名的斯隆·凯特林癌症研究中心的研究人员开发的软件 和数据库。 clipseq 人、小鼠、拟南芥、线虫、大米、葡萄 由高通量实验数据clip-SEQ（或hits-clip）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶数据库集成并构建了多个流行的靶点预处理系统 测软件的交集和调控关系。 皮克塔 人、黑猩猩、小鼠、大鼠、狗、鸡等哺乳 动物般的 基于microrna或microrna靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microrna靶基因的软件，假阳性率也较低。是microrna领域大牛rajewsky实验室开发的。该文章位列mirna相关文章引用top5。 微宇宙 人、小鼠、大鼠、狗、鸡 人类、黑猩猩、恒河猴、蚊子、牛、家鸡、线 虫、果蝇、小鼠、大鼠、斑马鱼 戴安娜 人、小鼠、大鼠 动物microRNA靶点预测和功能注释数据库。 embl-ebi的enright实验室开发的microrna靶标数据库。是mirbase 官方目标预测软件。 kiriakidou基于实验和计算生物学方法