计算机模拟技术在动物遗传育种研究中的应用.ppt

3. 参数设置 ?群体规模 60、120、180 ?公母比例 1:5、1:9、1:19 ?性状遗传力 0.10、0.25、0.50、0.80 ?QTL方差 0.25?G2 ?QTL增效基因初始频率 0.1、0.5、0.9 ?相邻标记间距 5cM ?选择世代 10代 4. 选择方案的模拟 产生0世代个体标记、QTL基因型和性状表型值 估计个体育种值，选留种畜 避免全同胞交配、产生下一代个体 总育种值、多基因育种值、QTL基因型值和近交系数 改变参数重新模拟上述过程 随机交配产生1世代个体 重复n次 计算机模拟技术在动物遗传育种研究中的应用 鲁绍雄 云南农业大学动物科学学院 E-mail: shxlu263 一、常规育种方案的模拟 1. 系统假设 考虑单个性状 其遗传受多基因控制，且在选择过程中不发生基因突变 表型方差=10 加性遗传方差 随机残差方差 遗传力 2. 参数设置 群体规模 50、100、200 公母比例 1:4、1:9、1:24 性状遗传力 0.1、0.3、0.6 选择世代 15代 3. 个体育种值估计方法 动物模型BLUP模型 性状表型值向量 固定效应向量 个体育种值向量 随机残差向量 关联矩阵 产生零世代基础群 随机交配产生一世代群体 根据BLUP-EBV选留种畜组成下一代育种群 按既定选配方法确定交配组合产生一代群体 计算遗传进展、近交系数… 改变参数 重复n次 4. 选择方案的模拟 不同群体规模下的遗传进展 群体规模越大，选择所能获得的遗传进展也越大 结果I：不同参数组合下的遗传进展 不同公母比例下的遗传进展 短期选择时，适当降低公畜比例，可获得理想的遗传进展，而长期选择时，则应保证足够的公畜数 结果I：不同参数组合下的遗传进展 不同遗传力水平下的遗传进展 选择性状的遗传力越高，遗传进展也越大 结果I：不同参数组合下的遗传进展 不同群体规模下的遗传方差变化情况 结果Ⅱ：不同参数组合下的遗传方差 不同公母比例下的遗传方差变化情况 结果Ⅱ：不同参数组合下的遗传方差 不同遗传力水平下的遗传方差变化情况 结果Ⅱ：不同参数组合下的遗传方差 不同群体规模下的近交系数变化情况 1- 50 2- 100 3- 200 结果Ⅲ：不同参数组合下的近交增量 不同公母比例下的近交系数变化情况 1- 1:4 2- 1:9 3- 1:24 结果Ⅲ：不同参数组合下的近交增量 不同遗传力水平下的近交系数变化情况 1- 0.1 2- 0.3 3- 0.6 结果Ⅲ：不同参数组合下的近交增量 二、动物QTL定位模拟 1. 参数设置 系统假定 一条总长度为100cM的染色体上存在1个影响目标数量性状的QTL QTL有2个等位基因 染色体上的标记均匀分布，且标记间的重组相互独立 …… M1 M2 M3 M4 …… Mn-3 Mn-2 Mn-1 Mn QTL 2. 实验设计与定位方法 资源群体 ?F2设计 ?BC1设计 QTL定位方法 ?最大似然区间定位 …… M1 M2 M3 M4 …… Mn-3 Mn-2 Mn-1 Mn QTL 3. 因素水平设置 因 素 设置水平 群体规模 100 300 500 1000 性状遗传力 0.1 0.3 0.6 0.9 标记密度 2cM 5cM 10cM 20cM 4 计算机模拟方案 根据试验方案，确定群体的初始条件(标记和QTL的基因频率、群体结构、性状的表型方差、遗传力、标记密度、QTL初始位置等) 重复n次 结束一组参数组合的模拟 改变参数 产生资源群体(包括个体的标记和QTL基因型、性状表型值等) 根据后代的标记基因型，推断后代从其亲本获得某个QTL等位基因的概率 利用标记信息和性状表型值，根据确定的模型，求出QTL的位置及其效应值 不同参数组合下QTL检测的效率及定位精确性分析 结果I：不同群体规模下的QTL定位效果 QTL检测效率与位置估计 扩大资源群体规模，可提高QTL的检测效率及定位的精确性和准确性 当群体规模增加到一定数量(300)后，继续扩大群体对提高QTL定位精确性的效益将逐渐降低 结果I：不同群体规模下的QTL定位效果 QTL效应估计 资源群体规模过小(低于100)，QTL效应估计的偏差增大，精确性降低 适当扩大资源群体规模对提高QTL效应估计的准确性和精确性有益 结果Ⅱ：不同遗传力水平下的QTL定位效果 QTL检测效率