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第六章 基因预测和基因结构分析;;基因预测和基因结构分析; ;（二） 基因预测的基本方法;分析举例：水稻Xa21基因序列（U37133）;分析举例：水稻Xa21基因序列（U37133）;2. 根据模式序列预测基因(Ab initio Approaches);原核生物（E.coli）;真核生物;目前还没有一个基因预测工具可以完全正确地预测一个基因组中的所有基因（Mathe et al. 2002);分析工具需要能识别基因的不同结构;分析举例（1） Gene Finding;GenScan（ ）用三个物种模式作为参照;A predicted exon is said to be?exactly correct?if it matches a true (annotated) exon precisely, i.e. both endpoints correct;?partially correct?if one endpoint is correct;?overlapping?if neither endpoint is correct, but it overlaps one or more true exons; and?wrong?if it does not overlap a true exon.;分析举例（3） AUGUSTUS;分析举例（4） GeneMark; 3. 利用比较基因组预测基因(Comparative Genomics Approaches);SoftBerry FGENESH+;各种基因预测方法的比较;基因预测存在主要问题;NNPP分析转录起始位点 ;Promoter2.0 predicts transcription start sites of vertebrate PolII promoters in DNA sequences. ;分析转录起始位点;分析转录因子结合位点;分析举例 JASPAR ;分析举例 PROSCAN;包括多种RNA结构预测及基因鉴别软件 假阳性是最大的问题;Gene-finding software and resources ;综合多种方法;（五）miRNA靶基因预测;TargetRNA2;基因预测或基因结构分析原则; ; ;例：选择Cod;（三） 上机操作;;;;