关于植物LEAFY基因的进化及起源研究（生物学资料）.docVIP

关于植物LEAFY基因的进化及起源研究（生物学资料） 目录 TOC \o 1-9 \h \z \u 目录 1 正文 1 文1：关于植物LEAFY基因的进化及起源研究 1 1、材料与方法 2 2、结果与分析 3 3、讨论 5 文2：LEAFY基因在植物中的进化规律探析 6 1、 材料与方法 8 2、 结果与分析 9 3、 讨论 11 参考文摘引言： 12 原创性声明（模板） 13 文章致谢（模板） 14 正文 关于植物LEAFY基因的进化及起源研究（生物学资料） 文1：关于植物LEAFY基因的进化及起源研究 植物在由营养生长向生殖生长的转变过程中，需要多个基因协同调控。其中LEAFY基因在该过程中具有至关重要的作用[1]。LEAFY基因编码植物特有的一类转录因子，在金鱼草中克隆的LEAFY基因FLORICAULA具有启动植物开花过程并调控花生长发育的作用。拟南芥LEAFY基因的突变体具有与金鱼草同源基因相似的功能，而过表达该基因则使得植株花期提前，并且侧枝均被单一花器官所替代。除了调控花的生长发育之外，LEAFY基因还具有调控烟草顶端分生组织发育、番茄复叶发育和水稻花序分枝等功能[3，4] 在大部分显花植物中，LEAFY基因只具有一个拷贝[5]，并且每一LEAFY基因通常具有2个内含子，其第二个内含子经常被用来作为被子植物系统发育分析的参考序列。在玉米基因组中，具有2个LEAFY基因，分别是Zfl1和Zfl2，其突变体具有与其他植物相似的调控花器官生长发育的作用，并且在不同的玉米杂种优势群中，具有明显人工选择的信号[6]。本文拟基于在基因组水平上对LEAFY基因的鉴定，通过系统进化树分析该基因在植物中的进化规律，并通过正选择作用的分析，阐明其在禾本科植物进化过程中经历的选择压力。 1、材料与方法 植物LEAFY基因的鉴定 利用拟南芥(AtLFY)和玉米的LEAFY基因(Zfl1和Zfl2)编码的蛋白质序列作为检索序列，采用BLASTP检索Phytozome[9]和NCBI的nr和ref＿seq序列数据库，获得植物代表性物种基因组中的LEAFY同源基因，并下载相应的编码区序列和基因组序列。 植物LEAFY基因序列分析与系统进化树构建 通过ClusterX[7]对所有代表性物种LEAFY蛋白序列进行比对，将比对结果输入MEGA[8]软件中，分别采用极大似然法(ML)法和邻接法(NJ)构建系统进化树。极大似然法和邻接法参数设置都为JTT模型，bootstrap重抽样100次以获取每一分枝的支持率。系统进化树的显示利用MEGA软件。 正选择作用检测 利用PAML[9]中的CODEML软件包对所有单子叶植物LEAFY基因的ddS(ω)值进行计算。使用PAL2NAL软件[10]对代表性物种蛋白质和与之对应的核苷酸序列进行转换，得到对齐的核苷酸序列，将该序列输入CODEML程序进行分析。 利用“位点特异性”模型中的M3/M0和M8/M7进行似然比检验(LRT)。其中M3/M0模型用来检测编码位点之间选择压力的差异，而M8/M7模型用来对正选择作用位点进行估计。在每个似然比检验中，对两对模型的对数似然值差数的2倍(2ΔlnL)进行卡方(χ2)测验，自由度为模型中参数个数的差值。其中M3/M0模型LRT的自由度为3，M8/M7模型LRT的自由度为2。 利用“分枝-位点”模型检测正选择对单子叶植物LEAFY基因在植物的固定中起到的作用。分别设定单子叶植物基因簇中的每个基因为前景枝，剩余为背景枝，进行正选择作用检测。通过比较备择假设和无效假设对9个单子叶植物LEAFY基因受到的选择压力进行适应性分析。在似然比测验为显著的前提下，进一步利用贝叶斯经验贝叶斯(BEB)方法计算前景枝中每个位点经历的正选择作用后验概率值。 2、结果与分析 植物LEAFY基因的鉴定 本研究分别以拟南芥和水稻的LEAFY基因作为检索序列，在NCBI的nr数据库中进行了检索，结果发现LEAFY基因仅存在于植物中，在其他物种中没有发现同源基因。进一步分析发现在绿藻中也不存在同源基因，但在轮藻Klebsormidiumnite基因组中具有同源基因。除此之外，虽然没有获得轮藻Charavulgaris基因组中的全长基因序列，但在该基因组中也有部分同源序列。而在陆生植物基因组中则普遍具有同源基因。由此表明，LEAFY基因最早起源于轮藻，并传递到所有陆生植物中。 为进一步阐明该基因在植物中的起源和进化模式，本研究筛选了陆生植物18个代表性物种对该基因的进化进行分析。LEAFY基因在这些物种的基因组中分布不均衡，其中玉米、油棕、小立碗藓和江南卷柏中具有2个LEAFY基因，而在其他植物的基因组中只具有1个LEAFY基因