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北京大学理论生物学中心及分子设计课题组介绍 来鲁华 分子动态与稳态结构国家重点实验室 北京大学化学与分子工程学院 北京大学理论生物学中心 第一页，共二十七页。 主要宗旨：推动多学科交叉的生物学研究，促进海外科学家与中国科学家的交流与合作，为留学人员回国短期工作提供基地，最终建成国际化的理论生物学研究中心。 北京大学理论生物学中心于2001年9月17日在北京大学正式成立。 第二页，共二十七页。 目前中心校内成员12人，国内兼职教授30人，国外特聘教授8人。其中有北京大学物理学院、化学与分子工程学院、数学学院、力学与工程科学系、生命科学学院的老师进行研究生和博士后的指导工作。 中心现有博士后4人，跨学科研究生30余人。每年招生10名左右的跨学科研究生。 Members 第三页，共二十七页。 Activities 每周一～两次定期研讨会 分子生物进化会议 理论生物学研讨会 国际理论生物学研讨会 第四页，共二十七页。 Research 中心的各项科研工作已全面展开，其中在蛋白质的全新设计、基因识别、基因调控网络等方面已取得一些 成果。中心在筹备期间及成立以后已经促成了中心成员间的多项科研合作。 蛋白质全新设计（来鲁华，汤超） 生物调控网络动力学性质 （汤超，欧阳颀） 生物分子进化，DNA计算 （欧阳颀，陈建国，华泰立、汤超，钱敏平） DNA序列复杂结构研究及基因预测 （佘振苏） 第二代生物芯片的开发 （欧阳颀） DNA序列分析快速新算法,寻找新基因及其启动子 (钱敏平，马大龙) 对与心脏病有关的基因表达数据进行处理与分析（钱敏平，韩启德） 药物设计中的打分函数问题 （来鲁华，钱敏平，汤超） 蛋白质功能与振动模式的关系 （来鲁华，汤超） 基因调控网络的重构（耿直，钱敏平） 第五页，共二十七页。 Research “基因功能预测的生物信息学理论与应用”973项目2003年获得批准。已取得一些成果。 以北京大学理论生物学中心名义申报，联合北京大学生物信息中心、清华大学生物系生物信息研究组、中国科学院生物物理所生物信息研究组、军事医学院放射医学研究所、上海生物信息技术中心的“基因功能预测的生物信息学理论与应用”973项目获得批准，首席科学家由来鲁华教授担任。 第六页，共二十七页。 北京大学理论生物学中心为围绕生物学的交叉研究提供了基地，促成了多项合作研究。已在蛋白质网络动力学、蛋白质相互作用研究等方面取得重要进展。汤超与欧阳颀合作开展了酵母细胞周期研究，发现生物学途径对应于稳定流型，提出了蛋白质网络动力学性质决定网络功能的观点。 蛋白质相互作用研究，J BC, Proteins 2002 酵母细胞周期研究，PNAS, 2004 第七页，共二十七页。 来鲁华与陈建国合作开展SARS-3CL蛋白酶的催化机理及药物设计研究，提出SARS-3CL蛋白酶遵循碱催化机制，经设计得到在分子水平及细胞水平上均有活性的抑制剂。 I II J. Biol. Chem., 2004; Biochemistry, 2004 第八页，共二十七页。 计算与系统生物学平台建设计划 蛋白质网络 基因调控网络 新陈代谢网络 信号传导网络 着重研究大规模生物分子相互作用数据测定、收集和分析，生物网络的构建、调控及动力学，探索生物学的基本规律与原理，在此基础上提出假设，并用实验验证并发展基于生物网络的药物设计方法。 第九页，共二十七页。 生物信息学 蛋白质晶体学 蛋白质结构预测 蛋白质全新设计 分子识别的 理论模型 分子识别的 热力学及动力学 蛋白质结构与功能关系 生物分子间相互作用及识别 蛋白质分子设计 药物分子设计 第十页，共二十七页。 我们所关注的问题 蛋白质序列与结构、结构与功能的关系 蛋白质与其它分子的识别机制 具有全新结构或功能蛋白质的设计 基于蛋白质结构的药物设计 蛋白质调控及代谢网络研究 第十一页，共二十七页。 发展了进行蛋白质表面环区构象模拟的计算方法，Proteins 2002, JMM2001。 蛋白质侧链安装算法，Proteins 2003. 蛋白质-蛋白质相互作用的平均势计算方法，JBC, Proteins 2002. 蛋白质构象多样性研究 第十二页，共二十七页。 Correlation between the calculated logP values and the experimental values of 1831 organic compounds XLOGP1.0, XLOGP2.0? 计算有机化合物脂水分配系数的新方法 XLOGP1.0: J.Chem.Inf.Comput.Sci. 1997, 37, 615-62