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关于蛋白质组学课件 第1页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 系统生物学 第2页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 系统生物学 第3页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 第4页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 第5页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 基因组学与人类基因组计划 1984年，由美国能源部发起——$530万 1988年，NIH，詹姆斯·沃森，1992年，柯林斯 1990年，美国能源部、NIH——$30亿 1998年，Celera Genomics——J. Craig Venter，陈奕雄 1999年，中国加入1%，第3号染色体上3000万个碱基对 2000年6月26日，工作草图完成 第6页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 转录组与基因芯片 广义：一个细胞、组织或生物体中出现的所有RNA的总和，包括mRNA、rRNA、tRNA及非编码RNA； 狭义：mRNA 1991年Fodor第一张芯片 1994年Affymetrix第一张商业化芯片 第7页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 代谢组学 metabonomics/metabolomics 效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。 1999年，英国帝国理工大学Jeremy Nicholson 第8页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 生物信息学 第9页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 蛋白质组与人类蛋白质组计划 由澳大利亚学者Wilkins和Willian于1994年提出。 人类蛋白质组计划： 血液、脑、肝……… 第10页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 蛋白质组学定义 蛋白质组学定义（proteome) 一个基因组，一个细胞或组织，一种生物在一定时间，一定条件下所表达的全部蛋白组成，存在形式，活动方式及时空动态。 为什么除基因组学外还要研究蛋白质组学： （1）蛋白质是功能的执行者。 （2）基因组与蛋白质组不一样：转录后的选择性剪切，翻译后的修饰等等，导致蛋白质组远比基因组复杂。 （3）与基因组相比，蛋白质组具有以下特点：多样性，无限性，动态性，相互作用，时空变化，需要多种技术，组学间的互助 第11页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 蛋白质组学研究内容 蛋白质的表达模式 （1）生理、病理或不同发育状态下蛋白质组表达差异蛋白质信息库。 （2）蛋白质及其组成质点的分离、分析、鉴定。 蛋白质的功能模式 （1）蛋白质结构分析。 （2）蛋白之间相互作用，翻译后修饰，细胞定位等。 第12页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 蛋白质组学研究内容 第13页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 第14页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 蛋白质组学研究的基本技术 蛋白分离技术： （1）经典双向电泳方法 （2）DIGE （3）SILAC （4）iTRAQ 质谱技术: 蛋白鉴定、翻译后修饰（磷酸化、糖基化） 第15页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 1：常规双向电泳 双向电泳基本原理： 双向电泳(Two-dimensional electrophoresis)的基本原理是利用蛋白质的等电点（pI)和分子量(Mr)不同而分离蛋白质：第一向电泳——等电聚焦（Isoelectric Focusing，IEF）根据蛋白质的等电点不同将蛋白质分离，第二向电泳——十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳（Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis, SDS—PAGE）利用蛋白质的分子量大小不同将蛋白质分离。 第16页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 双向电泳流程 基于2D的经典定量分析方法。 1、样品准备和定量：抽提对照组和各种不同实验组的蛋白质。 2、蛋白质分离：蛋白质经过2D分离后染色（银染、考染等）。 3、蛋白质的定性与定量分析：通过与对照组相Image Master 7.0分析出实验组中差异点，质谱鉴定差异点蛋白质,同时应用软件分析出其表达量的变化。 第17页，共39页，2022年，5月20日，7点52分，星期六 2：DIGE DIGE荧光定量方法流程图. 1、样