分子标记及其在植物遗传育种中的应用.pptVIP

两个 随机群体 j 、k间的遗传距离（Nei 1972）: Xij 为X群体第i个位点第j个等位基因频率 Yij为Y群体第i个位点第j个位点基因频率 第六十一页，共一百一十六页。 在种质资源研究中，大多数采用罗杰斯距离（RD）和改良的罗杰斯距离（MRD）（Rogers，1972；Goodman Stuber，1983）。 根据遗传特性确定的罗杰斯距离在相关种质的亲缘关系分析中非常有用；而改良的罗杰斯距离还适用于杂种优势研究。 第六十二页，共一百一十六页。 聚类分析 聚类指标： 遗传相似系数 遗传距离 聚类方法：SAHN （Sequential Agglomerative Hierarchical and Nested）clustering 常用UPGMA 分析软件：NTSYS-pc2.02（Rholf，1998） 第六十三页，共一百一十六页。 QTL分析 第六十四页，共一百一十六页。 ‘A’ Homozygote for the allele from A parent ‘B’ Homozygote for the allele from B parent ‘H’ Heterozygote carrying both alelles A and B ‘C’ Either BB or AB genotype ‘D’ Either AA or AB genotype ‘-’ Missing data for the individual at this locus 第六十五页，共一百一十六页。 data type F2 intercross 20 5 1 *locus1 BBBHH-AAABBBHHH-AABA *locus2 AB-ABHABHAB-AB-ABHAH *locus3 ABBAHHHBHABHABHBBHH- #Locus3 may be mis-scored in individual 12! *locus4 ABHHABAAAHAB-ABHABHH *locus5 ABHABHAA-ABHABHAHHHB *trait1 6.3 7.7 8.0 6.2 4.1 8.8 6.5 5.4 7.3 8.7 9.0 - 6.8 7.2 7.1 7.6 8.3 8.1 7.5 6.8 第六十六页，共一百一十六页。 EST (Expressed Sequence Tags) SNP（single nucleotide polymophism） cSSR、cSNP DNA微阵列（Microarray） 蛋白质组学 ．．．　．．． 新型分子标记 第六十七页，共一百一十六页。 EST 是长约150-400bp的基因表达序列片段，携带着完整基因的某些片段。 mRNA反转录成cDNA，克隆到质粒或噬菌体载体，构建cDNA文库，而后大规模随机挑选克隆，对5’或3’端进行一步法测序，获得对生长发育、遗传变异、衰老死亡等过程认识的技术。 EST (Expressed Sequence Tags) 第六十八页，共一百一十六页。 DNA Databanks cDNA resources Genbank (NCBI), Nucleotide Sequence Database (EMBL), DDBJ , MGC,… Genomic DNA resources HTG, dbGSS, GOLD, ERGO,… EST resources dbEST, UniGene, GIs, STACKS, DOTS,… Others dbSTS, UniSTS, dbSNP, TransFac, ISIS, Repbase, ... ... 第六十九页，共一百一十六页。 常用基因组网址： 第七十页，共一百一十六页。 单核苷酸多态（SNP -single nucleotide polymophism） SNP是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态，即基因中的点突变。特点： 双等位基因 在基因组中的发生频率比较高 有些SNP位点还影响基因的功能? SNPs可大大丰富既有的连锁图 成熟自动化技术，有望分析成千上万的SNPs? 第七十一页，共一百一十六页。 cSSR、cSNP ———从EST中开发SSR、SNP 目前某些植物全序列的测定及EST数据库的开发，为SSR、SNP的开发开辟了新的途径。 优点： 表达序列，与特定功能有联系 多态性丰富，可大大丰富标记数目 开发简单、经济 第七十二页，共一百一十六页。 利用DNA芯片技术，将大量探针固定于玻/硅片上，然后用荧光标记样品进行大量分子杂交，以比较不同组织或器官的基因表达水平，筛选突变基因，分析基因表达