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分子系统发育分析第1页/共66页 系统发育(phylogeny)也称系统发生、种系发生，是指生物形成或进化的历史。系统发育学(phylogenetics)根据现有数据推演进化谱系，研究物种之间的进化关系，其基本思想是比较物种的特征，并认为特征相似的物种在遗传学上接近。系统发育研究的结果描述形式常以系统发育树（phylogenetic tree）表示，用它描述物种之间的进化关系。通过对生物学数据的建模提取特征，进而比较这些特征，研究生物形成或进化的历史。 第2页/共66页 系统发育学的发展历史追溯于达尔文时代（十九世纪）经典系统发育学中，主要特征为表型特征(phonotype features)表型特征的局限性（趋同进化现象）表型特征判定的困难现代系统发育学进入分子水平直接利用从核酸序列或蛋白质分子提取的信息，作为物种的特征，通过比较生物分子序列，分析序列之间的关系，构造系统发育树，进而阐明各个物种的进化关系 第3页/共66页 20世纪中期，分子数据开始被广泛应用于系统发育研究蛋白质电泳：在分子大小、电荷等一些浅层特征上分离和比较相关的蛋白质20世纪60年代，蛋白质测序出现20世纪70年代，开始获得基因组信息，特别是DNA序列蛋白质序列和DNA序列为分子系统发育分析提供了可靠的数据。 第4页/共66页 如何根据核酸和蛋白质的序列信息推断物种之间的系统发育关系？从一条序列转变为另一条序