分子进化与系统发育分析.pptxVIP

第1页/共51页分子进化与系统发育分析第2页/共51页生物学家：We have a dream…1. Tree of Life: 重建所有生物的进化历史并以系统树的形式加以描述第3页/共51页梦想走进现实：How?1. 最理想的方法：化石！—— 然而…零散、不完整2. 比较形态学和比较生理学：确定大致的进化框架。—— 然而，细节存在巨多的争议第4页/共51页第三种方案：分子进化1. 1964年，Linus Pauling提出分子进化理论；2. DNA RNA: 4种碱基；蛋白质分子：20种氨基酸；3. 发生在分子层面的进化过程：DNA, RNA和蛋白质分子；4. 基本假设：核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息；第5页/共51页分子进化的模式1. DNA突变的模式：替代，插入，缺失，倒位；2. 核苷酸替代：转换 (Transition) 颠换 (Transversion);3. 基因复制：多基因家族的产生以及伪基因的产生；A. 单个基因复制 – 重组或者逆转录；B. 染色体片断复制；C. 基因组复制；第6页/共51页 (1) DNA突变的模式插入替代缺失倒位第7页/共51页(2) 核苷酸替代：转换 颠换1. 转换：嘌呤被嘌呤替代，或者嘧啶被嘧啶替代；2. 颠换：嘌呤被嘧啶替代，或者嘧啶被嘌呤替代；第8页/共51页基因复制：单个基因复制重组逆转录第9页/共51页基因复制：染色体片段复制第10页/共51页基因复制：基因组复制研究结果：克鲁雄酵母中的同源基因数量与酿酒酵母相比为1：2S. Cerevisiae (酿酒酵母)K. Waltii (克鲁雄酵母)第11页/共51页分子进化研究的目的1. 从物种的一些分子特性出发，构建系统发育树，进而了解物种之间的生物系统发生的关系 —— tree of life; 物种分类；2. 大分子功能与结构的分析：同一家族的大分子，具有相似的三级结构及生化功能，通过序列同源性分析，构建系统发育树，进行相关分析；功能预测；3. 进化速率分析：例如，HIV的高突变性；哪些位点易发生突变？第12页/共51页(1) Tree of Life: 16S rRNA第13页/共51页Out of Africa人类迁移的路线53个人的线粒体基因组(16,587bp)第14页/共51页(2) 同源性分析-功能相似性Ortholog (直系同源物)：两个基因通过物种形成的事件而产生，或，源于不同物种的最近的共同祖先的两个基因，或者两个物种中的同一基因，一般具有相同的功能。Paralog (旁系同源物)：两个基因在同一物种中，通过至少一次基因复制的事件而产生。Xenolog (异同源物)：由某一个水平基因转移事件而得到的同源序列。Convergent evolution: 通过不同的进化途径获得相似的功能，或者，功能替代物。第15页/共51页paralogsorthologs第16页/共51页异同源物第17页/共51页基因的趋同进化通过不同的进化过程获得保守的功能第18页/共51页趋同进化：Langur食叶猴RNASE: 纤维素分解、消化第19页/共51页同源关系的分析1.直系同源物的确定：Reciprocal Best Hits;2. 旁系同源物的确定：BLAST，序列比对及数据库搜索，至少存在一个共有的功能结构域；3. 整体分析/蛋白质家族分析：系统发育树的构建；第20页/共51页Reciprocal Best Hits?直系同源物：Reciprocal Best Hits第21页/共51页(3) HIV protease: 高突变性Ka/Ks 1, 强的正选择压力，具有很高的可突变性第22页/共51页本章内容提要1. 密码子偏好及相应分析；2. 氨基酸序列的进化演变；3. DNA序列的进化演变；4. 同义与非同义的核苷酸替代；5. 系统发育树的构建；6. 分子钟与线性树；7. MEGA软件的使用；第23页/共51页第一节 密码子偏好及相应分析1. 密码子(codon): 在随机或者无自然选择的情况下，各个密码子出现频率将大致相等。2. 密码子偏好：各个物种中，编码同一氨基酸的不同同义密码子的频率非常不一致；3. 可能的原因：密码子对应的同功tRNA丰度的不同。第24页/共51页标准密码子第25页/共51页大肠杆菌RNA聚合酶第26页/共51页大肠杆菌RNA聚合酶 (2)1. 密码子偏好非常明显；例如2. 同为编码Phe的同义密码子UUU和UUC，二者出现的次数显著不等，UUU(15次)，UUC(44次)；3. 再如：编码Arg的四个密码子CGU, CGC, CGA, CGG, 出现次数分别为：89，46，1，0.4. 提示：对应CGG的同功tRNA可能不存在！第27页/共51页tRNA Antic