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第1页/共106页核酸结合蛋白第2页/共106页基本概念和定义蛋白和核酸的相互作用主要可分为四类：（1）即结构和包装作用（如组蛋白、病毒衣壳蛋 白等）；（2）运输和定位作用（tRNA,mRNA和核糖体结合）；（3）代谢和重排作用（如DNA和RNA聚合酶、核酸 酶、解旋酶等）；（4）基因表达作用（如RNA聚合酶、转录因子、核 糖体和起始因子等）。 值得注意的是：对于特定蛋白而言，其功能并 不是唯一的。第3页/共106页根据底物的特殊性，核酸结合蛋白可分为三类： （1）非特异性结合蛋白；（2）序列特异性结合蛋白；（3）结合特殊结构的蛋白（如在DNA中的不正常碱基，重组中间体，以及核内含子套索）。大部分核酸结合蛋白在一个内部位点以定位方式相互作用。用于蛋白和核酸识别的非共价键主要包括（1）静电吸引和氢键，（2）主链连接，（3）氢键和碱基连接。同时，在相互作用时，蛋白和核酸的构象常常发生改变，以产生最大的互补作用表面。第4页/共106页一.核酸被蛋白识别（一）DNA识别的一般方式1、识别基础： DNA结合蛋白识别整个螺旋分子的几何结构， 通过接触大沟或小沟，连接核糖磷酸主链或 碱基同DNA相互作用。2、同dsDNA结合的蛋白（1）同DNA末端相互作用的蛋白（如DNA连接酶，外 切酶）；（2）围绕DNA或以深的狭缝结合DNA的蛋白（DNA聚 合酶，拓扑异构酶）；（3）同DNA双螺旋表面作用的蛋白（如转录因子）。第5页/共106页(二)RNA识别的一般方式 1、识别基础： （1）一级序列（如SD序列，加尾序列） （2）RNA折叠形成的高级结构： 二级结构(突起，发夹，茎环)如著录 终止，tRNA的加工，内含子剪切等 三级结构（三股螺旋，tRNA的L-形结构） 如aa-tRNA和氨酰合成酶的结合 。 2、RNA结合蛋白的特征 （1) 局部形成方式同RNA相互作用； （2）β折叠常用于相互识别的表面第6页/共106页凸起：双螺旋的一条链上有单个碱基多余时出现的结构凸环：双螺旋的一条链上有多于一个碱基多余时出现的结构内部环：双链结构中由于一个或多个碱基错配形成的畸形结构发夹/茎环结构：具有不完善的两侧对称结构的区域形成的二级结构，两段互补的序列可形成茎干，完全互补时形成的结构称为发夹，一端有未配对的碱基时形成茎环结构或发夹环结构柄环结构：一段独立的核酸序列，末端形成一小段互补配对的结构，其余部分形成环十字型结构：具有回文序列的双链核酸中，当两条链都可自发形成发夹/茎环结构时可产生十字型结构第7页/共106页第8页/共106页第9页/共106页第10页/共106页大肠杆菌16S rRNA的二级结构第11页/共106页I 类内含子的二级结构第12页/共106页II 类内含子的二级结构第13页/共106页植物病毒和类病毒类病毒（viroids）感染性RNA分子，独自具有功能，外面不包被任何蛋白外壳。拟病毒（virusoids）与此结构相同。但包被在植物病毒内。拟病毒本身不能复制，必须依赖病毒的帮助，这种拟病毒有时称为卫星RNAs（satellite RNAs）第14页/共106页锤头结含58nt,有3个茎环和13碱基的保守顺序第15页/共106页第16页/共106页第17页/共106页第18页/共106页第19页/共106页第20页/共106页第21页/共106页第22页/共106页RNA的三链结构第23页/共106页tRNA的三级结构（L型）：第24页/共106页第25页/共106页DNA和RNA结合蛋白中基本的识别结构 结构 识别 分类学分布 举例DNA结合结构螺旋-转角-螺旋HMG结构域锌指结构类固醇受体家族双核基因簇碱性结构域BPV E2模体带-螺旋-螺旋和其他片层结构组蛋白 -核心-接头 Rel同源蛋白α-螺旋α-螺旋α-螺旋α-螺旋α-螺旋α-螺旋α-螺旋β-折叠静电作用α-螺旋环所有的真核生物主要在真核生物真核生物酵母真核生物乳头瘤病毒所有的真核生物真核生物大肠杆菌Lac阻遏物，果蝇的触角足蛋白大鼠的HMG1小鼠的Zif268，果蝇的Tramtrack人类维甲酸受体，大鼠糖皮质激素受体酵母GAL4酵母GCN4,人类MyoD,小鼠MaxBPV E2蛋白大肠杆菌MetJ阻遏物，拟南芥TATA结合蛋白人类TAFII31,TAFII80，人类H5NF-κB p50同源二聚体RNA结合结构RNP结构域dsRBDK-同源蛋白β-折叠β-折叠环真核生物所有的真核生物U1A snRNP果蝇的StaufenhnRNP K缩写：HMG＝高泳动结构；TAF＝TBP(TATA结合蛋白)相关因子；BPV＝牛乳头瘤病毒；RNP＝核糖核酸蛋白；dsRBD=双链RNA结合蛋白；hnRNP=核内不均一核糖核蛋白第26页/共106页The ribbon-helix-h