第1讲蛋白质的基本组件.pptVIP

植物体内脯氨酸的含量可用酸性茚三酮法测定。在酸性条件下，脯氨酸和茚三酮反应生成稳定的有色产物，该产物在520 nm处有一最大吸收峰，其色度与含量正相关，可用分光光度法测定。该反应具有较强的专一性，酸性和中性氨基酸不能与酸性茚三酮试剂形成有色产物，碱性氨基酸对这一反应有干扰，但加入人造沸石（permutit），在pH 1~7范围内振荡溶液可除去这些干扰的氨基酸（如甘氨酸、谷氨酸、天冬氨酸、苯丙氨酸、精氨酸等2-氨基的氨基酸）。 两个肽键平面的交接点为 a-碳 以肽键平面连接成多肽长链 注意 a-碳上面接有各种大小不等的基团 当前第62页\共有68页\编于星期五\20点 多肽链中由肽键连接的部分称为主链(main chain或backbone)，它在所有氨基酸中都是相同的；氨基酸在形成肽键后保留的部分称为氨基酸残基(amino acid residue)。氨基酸的侧链从主链的C?原子伸出。 一条肽链的两端有不同结构和性质： 一端的氨基酸残基带有游离氨基，称为氨基端或N端； 另一端的氨基酸残基带有游离羧基，称为羧基端或C端。 当前第63页\共有68页\编于星期五\20点 多肽链的构象 肽单位绕其所连接的两个共价单键C?－C?(C?为羰基中的C原子)和N－C?旋转是蛋白质分子主链仅有的自由度。肽单位围绕单键N－C?旋转形成的位置用?角描述；绕C?－C? 旋转形成的位置用?角描述。因此，一个蛋白质分子的主链构象可以用其所有组成氨基酸的一套(?，?)n角度值来定量表征。这一定量表述方法是基于立体化学中常用的扭角(torsion angle)或双面角(dihedral angle)系统。 当前第64页\共有68页\编于星期五\20点 (1)扭角(双面角) 由4个原子或基团组成的系统　　　　投影在与B－C键正交的平面上，A－B键投影与C－D键投影之间的夹角称为扭角。这角度也可视为A－B－C决定的平面与B－C－D决定的平面间的夹角，故也称为双面角。 扭角的量值区间是±180°。扭角系统既可用于定量描述蛋白质的主链构象，也可用于侧链构象。 当前第65页\共有68页\编于星期五\20点 (2)多肽链的构象角 在多肽链中，绕共价单键N－C?形成的扭角称为?角，绕单键C?－C?形成的扭角称为?角。一个氨基酸残基i特定构象可由一对(?i, ?i)来规定，它们各包含如下四原子体系：?i (Ci-1?, Ni , Ci?, Ci?); ?i (Ni , Ci?, Ci?, Ni+1)，其中，第二、三位原子间的共价键就是旋转的中心键。 当前第66页\共有68页\编于星期五\20点 当前第67页\共有68页\编于星期五\20点 (3)拉氏构象图 将?作横座标，?作纵座标，可画出一个直方图，其平面上的任意一点就对应一对(?, ?)。将一条肽链所有组成氨基酸的(?i ,?i)值画在图上，就可用简明的解析方式定量表达一条多肽链的构象。印度人G. N. Ramachandran利用这一方式首先计算了多肽链构象的允许区，结果表明没有或基本没有空间障碍的多肽链的(?, ?)值被限制在一定的范围，这种图因此称为Ramachandran plot，简称为拉氏构象图。 当前第68页\共有68页\编于星期五\20点 当你忘记氨基酸的构造时，胸前画个十字祷告奇迹马上出现。你只要在这十字的中央，先填上一个碳原子(叫做?-碳)，在周围的四个位置分别填上一个氨基、羧基、氢原子及一个R基团，基本的氨基酸构造即完成。 R基团可以由最简单的H开始填入，就是最简单的glycine；再来CH3就是alanine；如此越来越大，并加入其它种类的原子(如氧或硫)，或额外的氨基、酸基或醇基，就可以组成多姿多采的二十种氨基酸。 请注意?-碳是不对称的，因为它周围的四个原子或基团都不相同；只有当R基团为氢原子时，是对称的?- 碳(因为接有两个一样的氢原子)；也就是说只有glycine是对称的氨基酸。因此，除了glycine外，其它氨基酸都有其立体异构物，两立体异构物间的化学式完全一样，但互相成为镜像，氨基酸的立体异构物以L-及D-form来表示之；地球上的生物大都采用L-form氨基酸。几年前分析一颗外层空间来的陨石，发现其中的L-form氨基酸的比例大于D-form者，令人推想地球上的生物使用L-form氨基酸可能有其原因。 以H为顶点，沿H→Cα键方向观察各组成基团的投影，如果顺时针方向能得到“CORN”的就是L-型分子；不能则为D-型。 分类便于掌握其性质。 非极性的氨基酸的大小非常齐全，由最小的Gly到最大的Trp，大多是由饱和碳氢化合物所组成。当然Tyr或Gly的极性不小，但为了方便比较，也列入其中。 对水溶性蛋白质而言，整个球状的蛋白质分子中，大部分非极性氨基酸都挤在分子的核心部份，形成了坚