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15个酿酒葡萄品种系材料的ssr分析 葡萄是葡萄科的一种重要果树，有许多品种。截止2015年统计结果表明全世界葡萄种植面积达753.4万hm 目前国内外利用SSR (simple sequence repeat) 分子标记技术已在苹果、李子、枣、马铃薯等多种园艺作物的品种鉴定、多样性分析、遗传作图以及基因定位等方面 与聚丙烯酰胺凝胶电泳法分离SSR扩增片段结果相比, 荧光标记毛细管电泳法具有灵敏度高、准确性强、效率高、在遗传多样性分析方面更精确可靠等优点, 更适用于高通量材料的检测分析。目前, 已在玉米、水稻、棉花等作物中得到广泛应用 本研究在前期对国家果树种质太谷枣、葡萄圃及国家葡萄产业技术体系加工品种选育岗位500余份葡萄品种 (系) 的品质评价和加工适宜性分析的基础上, 以15份具有代表性的酿酒葡萄品种为实验材料, 通过毛细管电泳技术筛选SSR引物, 获得构建指纹图谱的核心引物, 并建立15份酿酒葡萄品种的指纹图谱, 对筛选出的15份代表性酿酒葡萄种质进一步进行SSR标记的亲缘关系分析及分子身份证系统建立研究, 以期为我国酿酒葡萄品种DNA指纹数据库的构建奠定基础, 为我国酿酒葡萄种质资源亲缘关系研究和葡萄分子标记辅助育种工作提供了理论依据。 1 材料和方法 1.1 国家枣、葡萄种质资源造成的葡萄品质检测 供试的15个葡萄品种的实验材料均采自于山西省农业科学院果树研究所国家枣、葡萄种质资源圃与国家葡萄产业体系加工品种选育岗位资源圃, 所选15个葡萄品种均为酿酒品种, 详见表1。2014年5月底采集各葡萄品种的幼嫩叶片, 液氮速冻并保存于-80℃超低温冰箱中备用。 1.2 提取和检测矩阵中的dna 参照王军等 所用荧光引物均由生工生物工程 (上海) 股份有限公司合成。 1.3 pcr扩增 SSR引物来源于葡萄公共遗传图谱NCBI及参照文献 1.4 延长产物的检测 采用毛细管电泳法 1.5 间的遗传相似系数和聚类分析 将扩增结果进行统计, 数据编码采用 (0, 1) 矩阵, 即将无带记为0, 有带记为1。根据数据矩阵统计结果, 利用NTSYS-pc2.10软件计算不同样本间的遗传距离。 其中, k为多态位点数, n为所测位点总数 任意2个品种 (系) 间的遗传相似系数 (genetic similarity, GS) 利用NTSYS中的Qualitative Data模块计算。计算公式为: 其中, N 利用软件中Qualitative Data功能计算不同样本间的遗传相似系数, 采用非加权类平均法 (UPGMA) 进行聚类分析, 通过多态性谱带的有序编码转换, 构建品种的分子身份证系统。赋值标准为: (1) 15位10进制数字 (0~9) , 分别对应15条SSR引物; (2) 每个材料、每个引物扩增的条带按大小增序排列, ID的数字表示该扩增条带大小在该引物所有条带中的次序; (3) 如果某引物无扩增或者扩增条带过多, 10个以上的条带都赋值为0; (4) 如果存在某引物在一个样品中同时扩增多个条带, 只取较小的条带次序作为该样品该引物的ID。 2 结果与分析 2.1 引物的扩增情况 从44对SSR引物中筛选出多态性好, 条带清晰的15对引物, 合成荧光引物用于葡萄材料的SSR扩增 (表2) 。15对引物扩增的谱带清晰, 且多态性丰富。单条引物扩增的条带为2~8条, 平均4.93条。扩增产物长度介于164~287 bp, 以170~260 bp的扩增片段居多。扩增条带数最少的引物为Scu04VV、Scu16VV、VVMD19, 均只扩增出2条条带;扩增条带数最多的引物为UDV-134与VMD5, 为8条 (表3) 。15对引物共扩增出74条带, 其中71条为多态性条带, 多态性百分率为95.9%。 2.2 最终结果是表1 本研究根据0/1数据矩阵统计结果, 对不同样本间的遗传距离进行了计算, 具体结果见表4。15个酿酒品种中, 两两遗传距离在0~1.092 4之间, 其中公酿1号和柔丁香之间遗传距离最远, 为1.092 4;梅露辄181和梅露辄343之间遗传距离为0, 距离最近, 所用引物未能将其分辨出来。 2.3 供试材料类别 以各品种15对引物的扩增带型为基础, 以0、1格式表示, 用NTSYS软件进行UPGMA法聚类分析得出15份葡萄的聚类图 (图1) 。结果显示:各品种间遗传相似系数范围为0.63~1.00。以遗传相似系数0.755为标准, 可将所有供试材料分为5个类群:A、B、C、D、E五类。供试的15份材料在遗传相似系数0.63处产生了分离 (图1) , 可以将所有15份材料分成两大类, 第一个大类包含有3个品种, “公酿1号”、“公酿2号”、“左山”, 其特点为均为我国自育的山欧杂种或山葡萄, 占全部供试材