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鲎血凝集素构象预测与NAGNDG分子对接研究 目录 TOC \o 1-9 \h \z \u 目录 1 正文 1 文1：鲎血凝集素构象预测与NAGNDG分子对接研究 2 一、研究背景 2 二、模型假设 2 三、实验步骤 2 （一）模板识别和比对 2 （二）分子对接 3 四、实验结果 3 总结 4 文2：人才需求与创业教育对接研究 4 一、概述 4 二、福建省创新型人才需求现状 5 三、五区叠加背景下的人才需求与创业教育对接 5 （一）自贸区人才需求与创业教育的对接 5 （二）现代服务业人才需求与创业教育的对接 6 （三）主导产业人才需求与创业教育的对接 6 （四）战略新兴产业的人才需求与创业教育的对接 6 （五）互联网经济人才需求与创业教育的对接 7 四、结束语 8 原创性声明（模板） 8 正文 鲎血凝集素构象预测与NAGNDG分子对接研究 文1：鲎血凝集素构象预测与NAGNDG分子对接研究 一、研究背景 鲎血凝集素tachylecti1-4是血细胞中含有的L-granules[1]。根据现有的研究中发现tachylectin-2序列与其他已知的蛋白质序列没有显着的相似性。tachylectin-2氨基酸序列显示为五对齐的串联重复[2]。β片称为I-V，各β型片中的单股为β-链。Tachylectin-2是五边形环面的形状，单个多肽链以五个β片段连续排列，具有对称性[3]。每个扭曲的β薄片具有类似W型拓扑的四个反平行β链构成，每个β片段的第一条链总是最内侧的链，包围分子的中心隧道。 二、模型假设 假设一个蛋白质的结构由其氨基酸序列决定，其一级序列已知，至少在理论上足以获取其结构。结构在进化中更稳定，变化比序列层面的变化要缓慢许多。模板蛋白和目标蛋白的序列一致性需要大于30%，且越大建模准确性越有保障。 三、实验步骤 （一）模板识别和比对 在序列一致性比较高的时候，可以通过简单的序列比对程序如BLAST获取目标蛋白的结构。我们选定四种同源性较高的蛋白进行多序列比对。同源度较高的四种蛋白的PDB_ID及评估见下表： 我们从BLAST数据库中选定四种蛋白模板，并使用modellerGUI界面进行模板对齐并建立模型。使用的结构检测方法来源于UCLA-DOE的SAVES服务器，包括PROCHECK、WHATCHECK、ERRAT、Verify_3D、PROVE等分析。 （二）分子对接 我们选取鲎血凝集素中tachylectin-2同源性较高的模板蛋白，并在PDB数据库中查询出对接的配体小分子。本文使用Discovetudio进行分子对接，发现tachylectin-2的结构显示了五个结合位点，其晶体具有几乎相同的占有率和几何形状。结合位点均位于相邻β片段的连接片段和后续β片段的3→4环之间，这完全反映tachylectin-2的对称性。Techylectin-2在与NAG/NDG结合后，主要或侧链构象几乎没有变化。 四、实验结果 tachylectin-2与模板蛋白的Z?scoreRMS=1.522，DOPEscore=-28187.148，可以推导出本文同源模建合理，结果准确。根据RamachandranPlot分析，在允许区和最大允许区的氨基酸残基占整个蛋白质的比例为90.17%，则证明该模型构象符合立体化学的规则。通过ERRATResults分析发现，该结果中Overallqualityfactor的值为90.625%，说明解析度一般，而良好的结构通常产生大约95％或更高的值，所以还具有改进的空间。根据研究结果表明，残基180-220之间是一个需要高度注意的区域，另一个需要注意的区域是40-60区，从PDB结构来看这两段主要是loop区，本身具有较大的弹性，因此在这一段结构还可以继续优化。Verify3D=93.22%表明该模型和氨基酸一级结构的关系较好。 我们通过3D结构活性位点识别和采用DiscovetudioLigandFit对以上选定的五种配体依次对接。结果表明，最后只有3种配体可以和鲎血凝集素中蛋白tachylectin-2成功对接。再根据根绝一致性打分原则对匹配的3种配体进行分析评价，我们使用七种打分函数，分别包括LigScore1_Dreiding、LigScore2_Dreiding、-PLP1、-PLP2、Jain、-PMF、DockScore，综合分析后得到最佳的结合方式。 总结 从日本马蹄蟹（Tachypleustridentatus）的血细胞大颗粒中分离出的一种凝集素Tachylectin-2。tachylectin-2可以特异性的结合具有游离4-OH基团的NAG、NDG等配体。我们提供