第十一章基于靶点结构的药物分子设计.pptVIP

基于片段的药物设计是为了克服传统高通量筛选的缺陷而逐步发展起来的药物发现新方法。 缺点：高通量筛选盲目性大，命中率很低，对于部分药物靶点很难筛选得到理想的化合物，而且命中化合物的类药性比较差。高通量得到的活性化合物的各个片段往往不能与靶蛋白的活性口袋很好地结合，而且对其中的单个片段的优化往往会影响整个分子，甚至是与靶点结合位置的改变。 当前第62页\共有120页\编于星期三\11点 高通量筛选和基于片段药物设计比较 当前第63页\共有120页\编于星期三\11点 一般来说，基于片段分子的设计研究可以分成三个阶段：片段筛选、片段与药靶复合物的结构确证和基于片段构建新分子。 1. 片段库的建立 一个高质量的片段库是进行基于片段药物设计的前提条件。构建片段库需要考虑三个因素：库容量、化学结构多样性和类药性。 当前第64页\共有120页\编于星期三\11点 2. 结构信息的确定 确定片段与药靶结合的结构信息对指导片段转化为先导化合物过程起到至关重要的作用。 3. 基于片段构建新分子 基于片段分子设计的最终目标就是要发现高活性的先导化合物甚至是候选药物，这就需要利用药靶活性位点与片段相互作用的结构信息，在片段基础上进一步设计新的分子，以提高生物活性。 当前第65页\共有120页\编于星期三\11点 二、活性片段的检测技术 （一）磁共振技术 利用NMR进行药物筛选的基本原理在于配体与生物大分子结合后，许多NMR参数（如化学位移等）会发生改变，通过检测并分析这些数据，可以来判定配体是否与靶点结合、结合的强弱以及结合的模式。 NMR筛选片段的方法一般可分为两种：检测配体的筛选（ligand detection based screening，LDBS）和检测靶点的筛选（target detection based screening，TDBS）。 当前第66页\共有120页\编于星期三\11点 1. 检测配体的筛选 LDBS法的原理是化合物在强磁场辐射下，核跃迁为激发态，然后缓慢回复到基态并释放出相应的能量，不同的核恢复到基态的时间不同，这个时间叫弛豫时间（relaxation time）。 弛豫时间的长短与分子大小成反比，小分子的化合物弛豫时间长，大分子的靶蛋白弛豫时间短，当药物与靶蛋白结合后就变成大分子，弛豫时间就会变短。 当前第67页\共有120页\编于星期三\11点 用LDBS法进行化合物活性筛选时，首先用普通条件测定小分子化合物的NMR谱，然后向小分子化合物中加入靶蛋白，向磁共振仪引入一个适当的延时使靶蛋白分子不能被检测到，在这种条件下再检测一次。 当前第68页\共有120页\编于星期三\11点 如化合物未与靶蛋白结合，它的NMR谱仍可以被检测到；如化合物与靶蛋白结合，就会成为蛋白的一部分，其核的弛豫时间就会缩短而无法检测到它的NMR谱。根据加入靶蛋白前后NMR谱的差异可计算出化合物与靶蛋白的结合率。 这种筛选方法不仅可筛选纯化合物，而且还可筛选混合物，不管是天然提取的还是组合化学合成的多组分样品都可不经分离直接进行测定。 当前第69页\共有120页\编于星期三\11点 报告配体筛选方法（reporter ligand screening）可在一定程度上克服LDBS方法的缺陷。该方法的原理是在筛选样品中加入一个已知能与药靶某一区域具有弱结合的分子，称为报告配体或探针。 筛选样品中的片段分子可竞争性地与报告配体结合药靶，亲和力高于报告配体的片段分子被检测出来。 这种方法筛选得到片段与报告配体结合到药靶相同的区域，避免检测到与药靶的非功能区域结合的片段，有效降低了假阳性，具有特异性高的特点。 当前第70页\共有120页\编于星期三\11点 2. 检测靶点的筛选 TDBS法的原理是当小分子与靶蛋白结合后，会改变蛋白质结合位点的局部化学环境，通过15N标记蛋白的二维N15和H1异核单量子相关谱（2D heteronuclear single quantum correlation spectra，HSQC），可以找出各酰胺信号15N或1H的化学位移变化。 采用TDBS法的先决条件是必须知道靶蛋白的结构，要求靶蛋白需进行15N标记，这样才能保证靶蛋白NMR谱能准确识别每个酰胺结合位点的特征峰。 当前第71页\共有120页\编于星期三\11点 TDBS法不仅可用于校正高通量筛选的假阳性结果，确保测试化合物结合在准确的部位；还可指导新化合物的设计，即把相邻的几个结合于靶蛋白活性位点亚区域的低亲和性配体片段，通过优化组装连接，就可设计得到所期望的高亲和性配体。另外TDBS法还可用于功能未知的新靶蛋白的筛选。 当前第72页\共有120页\编于星期三\11点 TDBS法的优点是准确度高、特异性强，可获得靶蛋白结合位点