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基因芯片技术基本过程 DNA 方阵的构建 选择硅片、玻璃片、瓷片或聚丙烯膜、尼龙膜等支持物，并作相应处理，然后采用光导化学合成和照相平板印刷技术可在硅片等表面合成寡核苷酸探针;（2）或者通过液相化学合 成寡核苷酸链探针，或 PCR 技术扩增基因序列，再纯化、定量分析，由阵列复制器（arraying and replicating device ARD），或阵列机（arrayer）及电脑控制的机器人，准确、快速地将不同探针样品定量点样于带正电荷的尼龙膜或硅片等相应位置上，再由紫外线交联固定后即得 到 DNA 微阵列或芯片。 样品 DNA 或 mRNA 的准备。 从血液或活组织中获取的 DNA/mRNA 样品在标记成为探针以前必须进行扩增提高阅读灵敏度。Mosaic Technologies 公司发展了一种固相 PCR 系统，好于传统 PCR 技术，他们在靶 DNA 上设计一对双向引物，将其排列在丙烯酰胺薄膜上，这种方法无交叉污染且省去液相处理的繁锁；Lynx Therapeutics 公司提出另一个革新的方法，即大规模平行固相克隆 （massively parallel solid-phase cloning）这个方法可以对一个样品中数以万计的DNA 片段同时进行克隆，且不必分离和单独处理每个克隆，使样品扩增更为有效快速。 在 PCR 扩增过程中，必须同时进行样品标记，标记方法有荧光标记法、生物素标记法、同位素标记法等。 分子杂交 样品 DNA 与探针 DNA 互补杂交要根据探针的类型和长度以及芯片的应用来选择、优化杂交条件。如用于基因表达监测，杂交的严格性较低、低温、时间长、盐浓度高；若用于突变检测，则杂交条件相反。芯片分子杂交的特点是探针固化，样品荧光标记，一次可以对 大量生物样品进行检测分析，杂交过程只要 30min。美国 Nangon 公司采用控制电场的方式， 使分子杂交速度缩到 1min，甚至几秒钟（6）。德国癌症研究院的Jorg Hoheisel 等认为以肽核酸（PNA）为探针效果更好。 杂交图谱的检测和分析 用激光激发芯片上的样品发射荧光，严格配对的杂交分子，其热力学稳定性较高，荧光 强；不完全杂交的双键分子热力学稳定性低，荧光信号弱（不到前者的1/35~1/5），不杂交的无荧光。不同位点信号被激光共焦显微镜，或落射荧光显微镜等检测到，由计算机软件处 理分析，得到有关基因图谱。目前，如质谱法、化学发光法、光导纤维法等更灵敏`、快速， 有取代荧光法的趋势。