单分子测序技术及应用研究进展_俞晓玲.pdf

Reviewsandmonograghs综述与专论

生物化学与生物物理进展

ProgressinBiochemistryandBiophysics

2020，47（1）：5~16

单分子测序技术及应用研究进展*

1）1）1）2，3）1）2，3，4）**

俞晓玲姜文倩郑玲石杨叶寒辉林峻

1）2）

（福建医科大学孟超肝胆医院感染科，福州350025；福州大学生物科学与工程学院，福州350108；

3）4）

福州大学应用基因组学研究所，福州350108；福州大学福建省海洋酶工程重点实验室，福州350108）

摘要从DNA双螺旋结构的发现开始，生命科学研究进入分子水平，在20世纪70年代出现的测序技术为破译遗传密码作

出了巨大贡献.近几年出现的单分子测序技术，可以在单个分子水平读取核苷酸序列，也被称为第三代测序技术，主要代表

有HeliScope、Nanopore和PacBio等.与传统的第一代和第二代测序技术相比，第三代测序能够产生更长的碱基读长，能直

接对RNA进行测序，无需逆转录，测序速度极快，同时其中某些技术所涉及的设备可以小型化，可便携至野外现场测序.

第三代测序技术在生命科学基础理论研究及生物医学临床实践中，具有广泛的应用.本文重点介绍了各种单分子测序技术的

原理、优缺点，及其应用研究进展.

关键词单分子测序，HeliScope测序，纳米孔测序，PacBio测序

中图分类号Q7，Q3DOI：10.16476/j.pibb.2019.0167

已经无法满足基因测序的需求.20世纪90年代中后

1概述

期，第二代测序（next-generationsequencing，

测序技术用于确定核酸、蛋白质、多糖等生物NGS）技术出现.随着NGS的发展，出现了不同的

大分子的一级结构，较为常见的是核酸测序，确定二代测序平台.2005年，出现了第一个商用二代测

核苷酸在核酸序列中的顺序，包括DNA和RNA测序平台——454RocheGSFLX［6］，该平台目前已

序.目前，DNA测序已经从第一代DNA测序技术经被淘汰.随后出现了Illumina（2006年）、SOLiD

发展到第三代DNA测序技术.（2007年）、IonTorrent（2010年）和华大基因的

Maxam-Gilbert测序技术、Sanger双脱氧测序BGISEQ（2013年）.除了SOLiD是基于连接法测

技术、荧光自动测序技术和杂交测序技术统称为第序（sequencebyligation，SBL）外，其他平台都

一代测序技术.20世纪70年代中后期，测序技术逐采用边合成边测序（sequencebysynthesis，SBS）

渐开始发展.1975年，Sanger和Coulson［1］发表了技术.由于测序试剂及原理的不同，不同的测序平

“加减法”技术，该技术使用DNA聚合酶和放射性台在读长、通量、基因组覆盖率、错误率、成本和