基于PacBio平台的全长转录组测序_任毅鹏.pdf

2016年第61卷第11期：1250~1254《中国科学》杂志社

论文SCIENCECHINAPRESS

基于PacBio平台的全长转录组测序

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任毅鹏,张佳庆,孙瑜,吴振峰,阮吉寿,贺秉军,刘国卿,高山,卜文俊

①南开大学生命科学学院,天津300071;

②南开大学数学科学学院,天津300071

*联系人,E-mail:gao_shan@;wenjunbu@

2015-12-14收稿,2016-01-12修回,2016-01-13接受,2016-03-03网络版发表

南开大学2015年研究生科研创新计划和国家自然科学基金资助

摘要当前,绝大多数的转录组数据都是基于以Illumina平台为代表的第二代高通量测序技术获得的,但是第

二代测序技术无法提供大量的长转录本并且丢失可变剪接等重要信息,因而大大制约了转录组数据的深度利用.

通过以PacBio为代表的第三代测序技术,可以获得更长乃至全长转录组,但由于PacBio转录组测序近几年才刚兴

起,只有少量的物种基于PacBio平台获得了转录组.PacBio全长转录组测序,在国际上才刚开展但发展很快,其实

验与数据分析标准和质量控制方面的研究对于未来的大规模应用至关重要.本研究在国际上首次尝试依据PacBio

平台最新试剂(P6/C4)优化实验参数,设计质量控制指标并使全长转录组测序标准化.本文基于一组昆虫(麻皮椿)

全长转录组数据,对已取得的部分结果进行报告.

关键词全长转录组,单分子测序,PacBio,质量控制,标准流程

基因组和转录组测序是生命科学领域的基础性高达12000bp平均长度的测序读段,大大促进了获得

工作.由于绝大部分非模式生物缺乏基因组数据,全完整基因组和全长转录组的能力.根据公开发表的

长转录组测序就变得尤为重要,全长转录本可以大文献,只有少量物种基于PacBio平台获得了转录组:

大促进这些物种的基因功能、基因表达调控和进化关这其中包括第二、三代测序混合拼接或第二代矫正第

系等多方面的基础与应用研究.但是,由于RNA易三代技术获得的人的类淋巴母细胞[2]和丹参(Salvia

降解和不同的转录本表达量差异巨大等多种原因,miltiorrhiza)[3]转录组数据;完全基于PacBio平台获

从总RNA中获取尽量多的全长转录本难度巨大.当得的转录组绝大部分来自人类[4,5],另外也有HIV病

前,绝大多数的转录组数据都是基于第二代高通量毒[6]、牛(Bovine)[7]、小鼠(Musmusculus)[8]和克氏冕

测序技术获得的,第二代测序技术测序序列短,短序狐猴(Propithecuscoquereli)[9]等;然而,基于PacBio

列拼接无法提供大量的长转录本并且丢失可变剪接平台的全长转录组测序方面的研究,国际上才刚开

等重要信息,