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杨梅素潜在作用靶点及机制计算机虚拟筛选争论

何侃亮;李博;袁秋贞

【摘要】目的:探讨杨梅素发挥药理活性的作用靶点及其分子机制.方法:利用

Pharmmap-per及DRAR-CPI平台分别推想杨梅素潜在作用靶点,对所得靶蛋白进

展文献挖掘分析;用STRING平台对推想靶点进展生物信息学分析,获得靶蛋白的注

释、蛋白互作信息并进展通路富集分析.结果:杨梅素发挥抗癌作用的潜在作用靶点

可能为Pim-1、EGFR,此外还与PI3K-Akt及MAPK通路有关.争论:杨梅素可能通

过胆碱酯酶和β-分泌酶,以及影响Neurotrophin、ErbB通路发挥改善认知功能及

抑郁样行为的作用.

【期刊名称】《陕西医学杂志》

【年(卷),期】2023(046)012

【总页数】3页(P1633-1635)

【关键词】杨梅素;抗肿瘤药;计算机模拟;神经保护

【作者】何侃亮;李博;袁秋贞

【作者单位】陕西省中医医院药剂科西安710003;陕西省中医医院药剂科西安

710003;陕西省中医医院药剂科西安710003

【正文语种】中文

【中图分类】R96

杨梅素(3，5，7，3”，4”，5”，-六羟基黄酮，Myricetin)又名杨梅树皮素，

是黄酮醇类化合物，常见于茶叶、浆果以及草药中。近年来随着争论的深入，人们

觉察杨

梅素具有抗癌、保护神经、抗氧化、抗炎等多种药理学活性[1]。众多争论说明，

杨梅素对多种肿瘤细胞具有抑制生长、增殖及侵袭的作用，同时具有神经保护、抗

炎等作用[2-3]。计算机关心药物设计是指利用计算机进展理论计算，以削减承受

传统试验手段筛选药物的工作量，提高药研发成功的概率，主要包括虚拟筛选和药

效团设计[4]。通常从自然中草药中分别得到的单体化合物可能具有药理学作用，但

是需要大量细胞及动物试验加以验证或排解，费时费力；另一方面，某些已经上市

销售多年的药物，由于对其分子靶标的生疏程度不够，而没有生疏到它的其他不

良反响或者作用。因此承受计算机虚拟筛选技术对自然产物进展争论格外有必要。为

了探讨杨梅素的药理学效应，本争论将基于计算机虚拟筛选的方法，利用

Pharmmapper和DRAR-CPI平台获得杨梅素可能的作用靶点，承受String平台对

杨梅素的推想靶蛋白之间的相互作用进展分析，报告如下。

1杨梅素分子构造的构建和预备在SybylX2.0软件中构建杨梅素分子(图1A)，并

对其进展预处理，对分子构象加载Gasteiger-Huckel电荷，承受Tirpos力场

Minimize程序进展能量最小化，以最大次数1000，0.001kcal/mol作为收敛标

准的Powel能量梯度法进展优化，得到稳定构象。

2杨梅素潜在靶点推想将杨梅素分子的mol2格式文件提交到Pharmmapper数

据库，选择人类蛋白靶标数据库进展分析。Pharmmapper将对配体小分子和数

据库中的药效团自动匹配，依据匹配分值(fitscore)的大小输出分析结果。将杨梅

素分子的mol2格式文件提交到效劳器，平台运算后下载计算结果进展分析。效劳

器建议选取药物分子与蛋白质相互作用(chemical-protein)的Z-score-0.5纳入

为潜在靶点。

3潜在作用靶点的生物过程和代谢通路分析将筛选所得杨梅素靶点导入STRING

平台，经平台进展分析获得蛋白质-蛋白质之间的相互作用，以及蛋白质的生物功

能注释。通过供给PubMed相关信息摘要以及链接NCBI等其他数据库对蛋白靶

点网络进展分析，如依据染色体接近、基因融合、基因共表达等多方面对结果进展

综合评分，并依据分数凹凸对相关蛋白进展排序。同时，应用STRING进展靶蛋

白的GO分析及KEGG信号通路富集分析。

1基于Pharmapper的靶点推想利用Pharmmapper对其数据库的7000余靶

蛋白进展运算，结果依据FitScore从大到小进展排序。得分排名前30的疾病相

关蛋白靶点信息(图1)。配体与各靶蛋白的药效团匹配状况(图2)。

2基于DRAR-CPI的靶点推想DRAR-CPI结果中，依据Chemical-protein打

值共有98个蛋白靶点。杨梅素可能的作用靶点中，涉及细胞过程、代谢过程、免

疫系统的靶点较多，如MAPK、TNK2、CDK2、PPAR等，我们进一步针对杨梅

素与这几个蛋白的关系进展探讨，DRAR-CPI平台供给了杨梅