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内蒙古大学硕士学位论文
基于色谱一质谱联用技术的HeLa细胞表观转录组定量分析研究
摘要
表观转录组学作为表观遗传学的一部分,是现代分子生物学的重点研究
方向之一。在这个领域,我们重点关注RNA上发生的化学修饰在细胞及组
织中调控基因表达的表观遗传学变化。RNA修饰作为一种新型的表观遗传
学实体,主要包括5’端帽(又称“端帽”)修饰、3。polyA尾巴及其内部的
核苷修饰。这些修饰不仅影响RNA的结构和功能,还影响RNA与其他生物
分子间的相互作用。比较在不同条件下表观转录组的差异并揭示核苷修饰的
动态变化有助于更深入地理解表观转录组的作用。
本研究利用超高效液相色谱与三重四极杆质谱联用技术,通过对核苷
修饰标准品的质谱检测参数进行优化,建立了能同时检测82种RNA核苷
mRNA上的核苷修饰进行定性定量分析,并进一步通过对HeLa细胞加
以热应激、烷基化毒性应激以及顺铂和紫杉醇两种抗癌药物应激处理,
研究在不同应激条件下HeLa细胞mRNA上的化学修饰含量变化。实验
结果表示,在HeLa细胞mRNA上共检测到l7种核苷修饰,通过内标
定量法获得其绝对含量。经分析,17种核苷修饰含量范围大约在0.07
fmol/ng~2nmol/ng之间,通过未处理和四种应激处理的对比实验发现,
mRNA上的核苷修饰含量均有明显的上调或者下调趋势变化,揭示了暴
露于各种不同类型的环境条件下时,HeLa细胞mRNA上核苷修饰的水
内蒙古大学硕士学位论文
平也会随之发生显著变化。
该检测体系能够有效分析HeLa细胞中RNA修饰含量的动态变化,
有助于深入了解细胞暴露于不同环境下RNA修饰的变化规律,可为后
续研究RNA核苷修饰详细变化机理提供重要的技术和理论支持。
关键词:HeLa细胞;RNA化学修饰;UPLC—MS/MS;MRM
Ⅱ
内蒙古大学硕士学位论文
ANALYSISOFHeLaCELLAPPARENT
QUANTITATIVE
0N
TRANSCRIPTO旭BASED
SPECTRo姬TRY
ABSTRACT
Asaofisoneoftheresearch
partEpigenetics,epigeneticTranscriptomekey
ofmodemmolecularthisfocusonthe
directionsfield,weEpigenetics
biology.In
onRNAthatincellsand
ofchemicalmodifications
changesregulategeneexpression
tissues.Asanewmodificationincludes5’end
typeofEpigeneticsentity,RNAmainly
knownas¨endtailanditsinternalnucleoside
cap(alsocap¨)modification,3’polyA
affectthestructureandfunction
modification.Thesemodificationsnotof
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