诺禾致源肉苁蓉基因组项目研究方案20150802.docxVIP

N，、，vog誕

N，、，vog誕

提供领先的基因组字解决方案

ProvidingadvancedgenumicHUlutiuns

PAGE

PAGE#

N，、，vog誕

N，、，vog誕

提供领先的基因组字解决方案

ProvidingadvancedgenumicHUlutiuns

PAGE

PAGE#

N?og讖

肉放蓉基因组学

项目研究方案

项目负责：动植物基因组产品线

Email：support@

2015年08月

目录

TOC\o1-5\h\z1研究背景 4

1.1基因组研究现状 4

\oCurrentDocument1.2生物学背景 5

\oCurrentDocument1.3项目研究目标及意义 5

\oCurrentDocument2项目流程 6

\oCurrentDocument3样本要求 6

4基因组Survey分析 7

\oCurrentDocument5测庁策略 9

\oCurrentDocument6基因组组装 9

\oCurrentDocument6.1数据质控 9

\oCurrentDocument6.2基因组组装 10

\oCurrentDocument6.3基因组组装评估 11

\oCurrentDocument7基因组注释 v 13

7J重复序列注释 14

7.2蛋白编码基因结构预测 14

7.3蛋白编码基因功能预测 15

\oCurrentDocument7.4转录因子预测 18

\oCurrentDocument7.5非编码RNA注释 18

\oCurrentDocument8比较基因组学分析 19

\oCurrentDocument8.1比较基因组物种选取 19

\oCurrentDocument8.2基因家族分析 20

\oCurrentDocument8.3系统进化分析 21

\oCurrentDocument8.4止选择分析 22

\oCurrentDocument8.5全基因组复制事件分析 23

\oCurrentDocument8.6转座子活动历史 23

8.7基因组共线性分析（此分析需定位到染色体水平，要准备家系群体） 24

\oCurrentDocument9生物学问题 26

\oCurrentDocument9.1肉広蓉主要药用成分（苯乙醇苜类）生物合成途径鉴定 26

\oCurrentDocument9.2不同品种（管花、荒漠）肉女蓉基因组的差异分析 27

\oCurrentDocument9.3肉兼蓉抗虫、抗病基因挖掘 29

\oCurrentDocument9.4肉灰蓉生长发育调控及寄生习性机理分析 32

\oCurrentDocument10遗传图诺构建 34

101取样及样本要求 34

10.2建库测丿宇 34

10.3遗传图谱构建 34

\oCurrentDocument11项目周期 38

\oCurrentDocument12参考文献 39

\oCurrentDocument附一公司介绍 41

\oCurrentDocument附二诺禾致源团队成员已发表文章 46

1研究背景

1.1基因组研究现状

基因组测序是基因蛆学研究的基础。动物、植物与微生物，伴随着人类共同组成这个地球上的生态环境，解码它们的基因组/基因是研究它们的性状和进化过程的起点。利用基因组学研究不同种群的遗传多样性及其分布，必将有助于发现新的特有基因和起源、演化、分类方而的新规律。a1989年启动人类基因蛆计划以來，随着测序技术的不断革新及測存通量的大幅度提高，已冇儿白种动植物的全基因组测序计划先后完成02014年-2015年，己有多篇动桩物基因组陆续发表于Science,nature,naturegenetics等国际-流杂志，更是表明基因组学研窕的时代己经到来。

J发表的基因组文章（节选）

中文名

发表时间

刊物

测序平台

铁皮石斛

2015.06

MolecularPlant

lllunina+Packio

陆地棉

2015.04

NatureBiotechnology

Illumina+BAC-end

大型褐藻

2015.04

NatureCommunications

lllunina+Pacbio

虎纹风蝶

2015.02

CellReports

IlluminaHiSeq