蛋白质序列分析专家讲座.pptxVIP

生物信息学bioinformatics;经过预测蛋白质结构、功效特征分析，可为我们研究提供指导信息;8.1温故而知新;;Primarystructure

thelinearsequenceofaminoacidsinaprotein

Secondarystructure

regionsoflocalregularity

i.e.,a-helices,b-strands,-sheets-turns;Tertiarystructure

theoverallchainfoldthatresultsfrompackingofsecondarystructureelements;Quaternarystructure

thearrangementofseparatechainswithinaproteinthathasmorethanonesubunit

e.g.,haemoglobin;多肽链在二级结构或超二级结构基础上形成三级结构局部折叠区是

相对独立紧密球状实体，被称作结构域（domain）。;在蛋白质中有些区域对于维持蛋白质结构和功效含有至关主要作用，

进化过程中改变非常迟缓，这么区域称作蛋白质关键区域（core

region）。;蛋白质结构主要位点;8.2蛋白质序列同源分析;蛋白质同源分析进行蛋白质功效或结构预测依然存在困难;8.3蛋白质序列结构域及结合位点分析;;多序列联配信息表示方法有很各种，包含联配本身、一致序列、保守

残基和残基模式、序列轮廓和其它序列家族概率模型。;它们共同特点是都基于多序列比对，不一样之处是处理比对结果标准和方法各有特色;;;;;;给出关键功效机制相关少数几个主要残基，对于发觉远距离同源较有优势，

不过有假阳性，指出了序列上特定位置处可能出现残基，但并没有对出现

概率给予描述。;PRINTS和BLOCKS非常类似，

都以一组无空位肽段来表示蛋

白质家族，这些无空位肽段是

经过对一组蛋白或蛋白质家族

高保守区进行多序列联配而

得。无空位片段在BLOCKS

中称为blocks，在PRINTS中

称为motifs(模体)，在PRINTS

中，代表一个蛋白质家族一

组motifs被称为

fingerprint(指纹)，;;;/blocks/ ;;PRINTS/BLOCKS库中motifs或blocks能够比Prosite序列模式覆盖更大

序列区域，而且motifs/blocks在序列匹配中通常会考虑氨基酸替换矩阵

问题。因而更为敏感(找出更多远距离关系)和愈加特异(出现更少假阳性)。;③蛋白质结构域与家族(proteindomainfamilies);这些模块化结构很可能反应了

蛋白质进化方式。遗传事件

能够造成结构域交换、结构域

复制、结构域丢失和取得等。

得到有特定功效新结构域可

以使蛋白质???常快速地取得更

加复杂新功效。;ProDom是一个蛋白质结构域家族数据库，它采取基于递归PSI-BLAST

比对搜索算法基于SwissProt和TrEMBL蛋白质序列数据库自动构建产生;;;;sequenceprofiles和Prositeprofile;;;;;;HiddenMarkovmodels和Pfam;;;;④InterProScan综合分析;;;8.4蛋白质序列理化性质分析;①ComputepI/Mw;②ANTHEPROT;8.5蛋白质序列基本性质分析;COILS将输入序列与数据库中coiled-coils比较产生相同性分值。经过比较这个分值

与球蛋白，卷曲螺旋蛋白分值分布，能够计算提交序列将会采取卷曲螺旋构

象概率分值。;SignalP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)能够对革兰氏阳

性菌，革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质序列进行信号肽分析;TMHMM和TMpred(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)用来预测

跨膜螺旋。;亚细胞定位与PSORTB;蛋白质磷酸化位点与DISPHOS;8.6蛋白质序列功效注释;①蛋白质功效描述;分子功效、细胞功效、表型功效等三个层次来描述蛋白质功效;②蛋白质注释方法;思索题：;此次课推荐单词：