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谢谢！*****/images/content/cost_per_genome2.jpg10,000**************全基因组重测序对基因组序列已知的个体进行全基因组测序，寻找个体或群体差异性的方法，主要通过序列比对获得个体之间或个体与群体之间的结构变异，并对差异进行分类、注释、演算，从而挖掘内在的生物学意义。目标区域测序通过一些寡核苷酸探针对目标区域抓取，然后再测序抓取出的部分。********-----会议笔记(9/16/1416:29)-----蒸发冷却技术（电工所、曙光公司）*完成的任务列表组学研究方向（1）基因组拼接BACLibrary/BACendsequencingPhysicalMappingBACshotgunsequencingShotguncloneShotgunsequenceGenomeAnnotationGC%analysisRepeatsanalysisGenepredictionncRNA(microRNA,tRNA…)annotationGeneFunctionAnnotationGO/InterproScane/Pathway/…ComparativeGenomicanalysis…Advanceddataanalysis定义：基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。WholegenomeresequencingTargetregionresequencing关注点：SNP(SNV)SmallIndelSV(CNV/Inversion/Insertion/Translocation)Pathway,GeneOntology,ProteinDomain（2）基因组重测序Dataanalysispipeline（3）转录组研究转录组主要研究内容无参考序列转录组分析内容有参考序列转录组分析内容1测序数据产量统计，数据成分和质量评估；2Contig及Scaffold长度分布3Unigene的长度分布和功能注释，GO分类，Pathway分析，差异表达分析4蛋白功能预测与分类，差异表达基因GO富集和Pathway富集分析。1基本数据统计，比对参考序列2序列在基因组上在分布3测序深度分析、随机性评估和基因差异表达分析4新基因预测，基因可变剪接鉴定和基因融合鉴定等。mRNA-seqdataanalysisstrategyWAP-RNAmySQLWebInterfaceUploadsequencedreadsbyusersMappedtoreferencesequencesMappedsequencesortagsAnnotationOverlapwithknowngenefromEnsemblOverlapwithallRNAtypefromEnsemblGeneexpressionlevelExpressedRNAstatisticReadsdistributionstatisticmiRNADiscoveryOverlapwithPfamdatabaseOverlapwithmiBasedatabaseGeneexpressionlevelKnownmiRNAexpressioni:Removeadaptorii:ClusteridenticalreadsintouniquetagsIii:LengthfilterPreprocessmiRNAmRNAmiDeeppredicationNovelmiRNAsetsVisualizationResultDownloadwapRNA：RNA-seq数据分析流程（4）DNA甲基化研究DNA甲基化对机体发育和基因表达有很重要的调控作用，和各种癌症的发生和发展也有很大相关性。MeDIP，是通过与DNA甲基化位点相结合的抗体，进行免疫共沉淀，然后对所得DNA序列进行测序。BisulfiteSequencing，是通过Bisulfite处理基因组来区分甲基化位点。表观遗传学研究内容基因转录后的调控基因组中非编码RNA微小RNA（miRNA）反义RNA内含子、核糖开关等基因