《合成生物学》课程教学大纲.doc

《合成生物学》教学大纲

课程编号英文名称：BiomedicalInstruments

学分：2.5

学时：总学时48学时，其中理论32学时，实践16学时

先修课程：生物化学、遗传学、分子生物学

课程类别：专业主干课程

授课对象：生物科学专业学生

教学单位：生命科学学院

修读学期：第6学期

一、课程描述和目标

合成生物学是一门新兴的交叉学科，包含生物学、工程学、数学、计算机、物理和化学等。其所涵盖的科学知识、科学技术都是现代科学发展的前沿。通过这门课程的学习，学生可以广泛涉猎不同学科领域的交叉、融合，拓宽知识面，提高综合素养，还可以培养学生的创新精神、创新意识和创业能力。

合成生物学是将生物系统的合成和遗传线路的连接工程化，与集成电路的制造方法一样，先设计、再制造、再设计。其最终目的是要通过这种理性设计和再设计的过程，获得人们所需要的生物功能，并通过实验得以实现，从而推动疾病诊断、药物治疗、基因编码及生命起源等方面的研究。其主要内容包括生物基因元件的模块化与标准化原理，基因元件的组装和表征，合成生物学的经典人工基因线路，基因组合成与编辑技术等。

课程目标1：本课程要求学生掌握生物基因元件的模块化与标准化原理，基因元件的组装和表征，合成生物学的经典人工基因线路，基因与基因组的合成与编辑技术。

课程目标2：熟悉人造生命系统的安全控制与伦理规范，并在实践中严格遵守。

课程目标3：了解合成生物学在工业、农业、能源和医疗健康领域的应用。

二、课程目标对毕业要求的支撑关系

本课程教学目标对毕业要求的支撑关系如表2-1所示。

表2-1课程教学目标对毕业要求的支撑关系

毕业要求指标点

课程目标

支撑强度

（H、M、L）

指标点4-1：

具有生物医药行业的产品研发、技术应用和项目管理和申报的能力。

课程目标1

课程目标2

课程目标3

H（高支撑）

指标点4-2：

具有生物医学产业的疾病诊断相关试剂开发、产品研发和产品注册与管理的能力。

课程目标2

课程目标3

H（中支撑）

指标点7-2：

理解现代生物技术对人类健康造成的潜在风险，以及引发的伦理问题。

课程目标1

M（中支撑）

三、教学内容、基本要求与学时分配

本课程总学时48学时，其中理论32学时，实践16学时，课后自主学习不占学时。

表3-1理论教学环节教学内容、基本要求、课程目标与学时分配

序号

教学内容

基本要求及重、难点（含德育要求）

学时

教学

方式

对应课

程目标

1

绪论

熟悉合成生物学概念；理解生命现象的结构基础、结构数据的特性；合成生物学研究的核心内容，生物大分子的合成与模块化，合成生物学的应用研究；高通量结构检测和界溪技术；基因线路的合成与构建。

2

集中讲授

课程目标1

2

生物大分子结构的基础原理

生物大分子结构数据库和数据描述

掌握蛋白质的结构特性，蛋白质折叠类型、功能与错误折叠，蛋白质-蛋白质相互作用，DNA的结构特性等。同时，掌握高通量结晶技术与高分子X涉嫌结构解析中的计算技术，X涉嫌结构电子云密度图的解析等生物大分子结构的研究方法

理解和掌握proteindatabank数据库，大分子三维结构图形程序，蛋白质结构进化和SCDP数据库、CATH数据库的序列识别算法、结构域便捷的识别等。

4

集中讲授

课程目标1、2、3

3

结构比对与质量验证

蛋白质结构与功能预测

掌握蛋白质结构比较算法和优化、多结构比对，蛋白质折叠空间图谱，用于结构检查的软件。

掌握从蛋白质结构推测蛋白质功能，结构功能预测方法。蛋白质分析软件简介，蛋白质二级结构预测软件及实例。

4

集中讲授

课程目标1、2、3

4

生物大分子互作

从进化信息预测蛋白质相互作用，静电相互作用；蛋白质分子动力学模拟与蛋白质结构预测现状与发展趋势。

2

集中讲授

小组报告

课程目标1、2、3

5

合成生物原件、装置和生物模块

掌握合成生物学元件、装置、系统和模块的定义；从元件到功能基因的组装；合成蛋白质；合成DNA元件和装置的应用研究

4

集中讲授

小组报告

课程目标1、2、3

6

合成基因网络

掌握合成基因线路，合成基因网络，合成生物学与基因表达的进化。

4

集中讲授

课程目标1、3

7

合成生物系统

掌握从头合成基因组的相关概念、基本路线和方法；Biobrick、BglBricks等方法合成简化的生物系统，合成多细胞系统的基础研究和应用

6

集中讲授

小组报告

课程目标1、2、3

8

合成代谢途径

掌握合成代谢途径的定向策略和实例，合成代谢途径的构建与最佳化，合成代谢途径的设计及再设计

6

集中讲授

课程目标1、2、3

合计

32

表3-2实践教学环节教学内容、基本要求、课程目标与学时分配

序号

实验项目

实验内容与要求

学时

类型

对应课程目标

1

生物大分