石竹科齿缀草属植物的叶绿体基因组比较分析及分子系统学研究.pdfVIP

石竹科齿缀草属植物的叶绿体基因组比较分析及分子系统学

研究

中文摘要

齿缀草属（Odontostemma）隶属于石竹科（Caryophyllaceae）繁缕族（Alsineae），

属下约65种，其中约60种分布于我国西南地区，且多数植物处于濒危状态。目前对

于齿缀草属物种的研究主要集中在形态学方面。同时，对其物种间进化关系的研究主

要是利用少数的分子标记，并未从基因组学水平对齿缀草属属内及其与相近属之间的

系统发育关系进行解释。叶绿体基因组具有母系遗传，进化速度慢，结构保守等特点，

是研究物种鉴定和系统进化的重要工具。本研究测序组装了11个齿缀草属物种的叶绿

体全基因组序列。另外，我们对石竹科其他属的22个物种叶绿体基因组进行测序组装，

并从Genbank中下载16个该科物种叶绿体基因组数据，最终使用石竹科49个叶绿体

基因组序列构建了石竹科系统发育关系并确立了齿缀草属在该科中的系统进化位置。

同时使用生物信息学方法对其进行了叶绿体基因组比较分析。本研究的主要内容和结

果如下：

1.石竹科齿缀草属的系统发育研究

通过叶绿体全基因组序列和编码区序列构建系统发育树，最大似然法和贝叶斯法

构建的系统发育树拓扑结构基本一致，只在部分分支存在差别。结果表明：石竹科繁

缕族分为两个分支，CladeⅠ包括Pseudostellaria、Shivparvatia、Odontostemma、

Mesostemma、Adenonema、Schizotechium和Brachystemma。CladeⅡ包括Cerastium、

Myosoton、Stellaria、Nubelaria。孩儿参属+独缀草属与齿缀草属为姐妹类群得到高度

支持。支持齿缀草属为单系，可分为四个分支，CladeI中髯毛无心菜（O.barbatum）

和云南无心菜（O.yunnanense）与具毛无心菜（O.trichophorum）聚为一小支；CladeII

中多柱无心菜(O.weissianum)和匙叶无心菜（O.spathulifolium）聚成的一支；CladeIII

中粉花无心菜（O.roseiflorum）和漆姑无心菜（O.saginoides）与女娄无心菜（O.

NO

本研究得到国家自然科学基金（）的资助

I

melandryiforme）聚成一个分支；CladeIV中紫红无心菜（O.rockii）与长柱无心菜（O.

longistylum）聚为一支，置于齿缀草属的基部。我们基于叶绿体基因组蛋白质编码序

列对齿缀草属植物的分化时间进行了估算。结果表明，齿缀草属分化于8.01Mya前

（95%HPD:5.08-11.42Mya）。

2.11个齿缀草属物种叶绿体基因组结构变异分析

齿缀草属叶绿体基因组是一个典型的四分体环状结构，叶绿体基因组大小在

132,834bp（O.spathulifolium）-148,705bp（O.napuligerum），其中大单拷贝区（LSC）

为75,599-80,682bp，小单拷贝区（SSC）为763-16,707bp，反向重复区（IRs）为

22,830-34,275bp。GC含量的范围为36.0%-37.4%。共编码119-130个基因，其中包括

74-85个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。齿缀草属物种中共检测到

415个重复序列，其中互补重复序列5个（1.20%），正向重复序列105个（25.30%），

反向重复序列12个（2.89%），回文重复序列141个（33.97%），串连重复序列152

个（36.62%）。在齿缀草属中共检测到878个SSR序列，其中单核苷酸重复最多，大

多数以A/T重复为主。二核苷酸重复最少。密码子偏好性分析结果显示，齿缀草属叶

绿体基因组的密码子偏好以A/U结尾。随后对齿缀草属植物叶绿体基因组密码子进行

了中性绘图、ENC-plot以及PR2-plot分析，结果表明齿缀草属植物叶绿体密码子的偏好

性受到自然选择和突变的共同影响，其中受到自然选择影响较大。

齿缀草属物种进行叶绿体基因组比对和核苷酸多态性分析，结果表明IR区和编码

区比LSC区、SSC区和非编码