基因芯片的生物信息学课件(1).pptVIP

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2024-12-25 发布于江苏
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基因芯片的生物信息学课件(1).ppt

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Microarray基因芯片–AhighthroughputtechnologythatallowsdetectionofthousandsofgenesSimultaneously–genechip,biochip,array–Muchrelyoncomputeraids–Centralplatformforfunctionalgenomics

TypesofMicroarrays芯片的种类

DNAmicroarrays,suchascDNAmicroarraysandoligonucleotidemicroarraysMMChips,forsurveillanceofmicroRNApopulationsProteinmicroarraysTissuemicroarraysCellularmicroarrays(alsocalledtransfectionmicroarraysChemicalcompoundmicroarraysAntibodymicroarrays

TypesofDNAMicroarrays1.cDNAchip(DNAmicroarray,two-channelarray)cDNA芯片:–ProbecDNA(500~5,000baseslong)isimmobilizedtoasolidsurfacesuchasglass–Usingrobotspotting–TraditionallycalledDNAmicroarray–FirstlydevelopedatStanfordUniversity2.Genechip(DNAchip,Affymetrixchip)基因芯片:–Oligonucleotide(20~80-meroligos)issynthesizedeitherinsitu(on-chip)orbyconventionalsynthesisfollowedbyon-chipimmobilization–HistoricallycalledDNAchips–DevelopedatAffymetrix,Inc.,undertheGeneChip?trademark–Manycompaniesaremanufacturingoligonucleotidebasedchipsusingalternativetechnologies

History历史HGP(humangenomeproject):suggestedbyDelbeccoonMar.7,1986，startedinOct.1990,rapidandsensitivetechniquesforhumangenomeinformationanalysis80S:suggestionbasedoncomputerchip,WBrainstrieditfirstly.90S:StephenFodor(PresentofAffymetrixnow)madeitsuccessfully.2019:QuantitativemonitoringofgeneexpressionpatternswithacomplementaryDNAmicroarrayEndof2019:thefirstDNAchip?

MicroarraysarePopular芯片技术的普及AtNYUMedCenternowcollectingabout3GBofmicroarraydataperweek(60chips,6-10differentexperiments)PubMedsearchmicroarray=24,431papers

Whatproblemscanitsolve?

基因芯片的应用–Differingexpressionofgenesovertime,betweentissues,anddiseasestates基因表达差异–Identificationofcomplexgeneticdiseases复杂性基因疾病的诊断–Drugdiscoveryandtoxicologystud