海金沙科和莎草蕨科植物的比较叶绿体基因组学研究.pdf

摘要

随着高通量测序技术的发展，GenBank数据库中的叶绿体基因组数据日益增多。

叶绿体基因组学研究为分子进化和系统发育研究提供了新的研究思路和依据。仅依

据叶绿体基因组序列构建系统发育树，还不能完全准确地重建植物的进化关系。

目前有关海金沙科（Lygodiaceae）和莎草蕨科（Schizaeaceae）的叶绿体基因组

数据还比较匮乏。为丰富海金沙科叶绿体基因组数据，加深对海金沙科叶绿体基因

组的了解，本研究对海南海金沙（Lygodiumcircinnatum）、曲轴海金沙（Lygodium

flexuosum）和网脉海金沙（Lygodiummerrillii）进行采样测序，并另选取64种已测

序的蕨类植物代表物种的叶绿体基因组全序列，重建系统发育树。在系统发育背景

下对海金沙科和莎草蕨科的叶绿体基因组全序列进行比较基因组学研究，以此增强

对海金沙科和莎草蕨科植物叶绿体基因组和系统进化关系的认识，挖掘可用于系统

发育分析的分子性状，为利用叶绿体基因组数据进行系统发育研究提供新的思路。

主要结论如下：

（1）海南海金沙、曲轴海金沙、网脉海金沙叶绿体基因组具有典型的四区结构，

全长分别为158,564bp、162,109bp、161,997bp，各编码117个独立基因，包括86

个蛋白编码基因、27个tRNA基因和4个rRNA基因。海金沙科的叶绿体基因组基

因顺序相同，反向重复区（InvertedRepeat，IR）边界稳定。此外，注意到海金沙科

的叶绿体基因组广泛使用了非常规起始密码子（non-AUG）。

（2）海金沙科和莎草蕨科密码子偏好性较弱，海金沙科的密码子偏好程度更高，

密码子第三位A和U碱基的使用度较高。海金沙科和莎草蕨科大部分基因的密码子

使用主要受突变压力影响，部分基因如海金沙科psbC基因受突变和选择压力的共同

影响，而psbA基因主要受选择压力的影响。

（3）海金沙科和莎草蕨科的GC偏斜、ENC值、基因组同侧性指数、重复序列

数目都具有显著性差异（p0.05），并且莎草蕨属（Actinostachys）为海金沙属和枝

莎蕨属（Schizaea）的中间类型，与系统发育树得出的结果一致。聚类分析中，基因

组同侧性指数聚类结果与构建的系统发育树结构相同，平均支持度在95%以上；提

示这些性状在海金沙科和莎草蕨科叶绿体基因组中具有系统发育意义。还注意到莎

草蕨科重复序列主要聚集在发生基因重排的区域。

（4）进一步对其余59种蕨类植物进行统计分析发现，叶绿体基因组SSR主要

由A和T重复单元组成，大多为单碱基SSR；水龙骨目trnA(UGC)和trnG(UCC)内

I

含子区域富含SSR。GC偏斜图谱显示，以膜蕨目和里白目为界，基部类群出现一种

M形GC偏斜模式，推测这可能是因为在膜蕨目和里白目的祖先支中复制模式存在

差异所致。

关键词：叶绿体基因组；系统发育；密码子偏好性；重复序列；GC偏斜

II

英文缩略词

英文缩写英文全称中文全称

LSCLargeSingleCopy大单拷贝

SSCSmallSingleCopy小单拷贝

IRInvertedRepeat反向重复

cpDNAChloroplastDNA叶绿体DNA

NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation美国国立生物技术信息中心

SSRSimpleSequenceRepeat简单重复序列