砂梨可变剪接的变异分析及驯化改良研究.pdfVIP

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摘要I

ABSTRACTIII

缩略词表VII

引言IX

第一章文献综述1

1可变剪接的研究进展1

1.1可变剪接的定义1

1.2可变剪接的形成过程1

1.3可变剪接的调控2

1.4富含丝氨酸/精氨酸蛋白2

1.5可变剪接对植物生长发育的影响3

1.5.1可变剪接影响植物抗性3

1.5.2可变剪接影响果实品质4

2测序技术的发展及应用4

2.1测序技术的发展4

2.2二代测序在植物研究中的应用5

2.2.1基因组学在植物中的应用5

2.2.2转录组学在植物中的应用5

3数量性状相关的全基因组关联分析6

3.1关联分析的定义6

3.2基于测序技术的关联分析研究进展6

3.2.1表型数据关联分析在植物研究中的进展6

3.2.2基因表达水平关联分析在植物研究中的进展7

3.2.3可变剪接关联分析在植物研究中的进展7

4植物驯化和改良的研究进展7

5本研究的目的和意义8

第二章蔷薇科十种果树可变剪接调控因子SR家族的全基因组分析9

1材料与方法9

1.1蔷薇科SR家族的鉴定9

i

砂梨可变剪接的变异分析及驯化改良研究

1.2蔷薇科SR家族的比对和系统发育分析10

1.3蔷薇科SR家族基因结构和保守基序分析10

1.4蔷薇科SR家族顺式作用元件预测11

1.5蔷薇科SR家族基因复制事件分析及Ka/Ks计算11

1.6蔷薇科SR家族共线性分析11

1.7梨SR家族成员表达模式分析11

2结果与分析12

2.1蔷薇科SR基因家族的鉴定12

2.2蔷薇科SR基因家族系统发育、基因结构及保守基序分析14

2.3蔷薇科SR基因启动子区顺式作用元件分析16

2.4蔷薇科SR基因家族的基因复制事件及Ka/Ks分析18

2.5蔷薇科SR基因家族的共线性分析19

2.6梨SR基因家族表达模式分析22

3讨论23

3.1蔷薇科SR家族的系统发育分析24

3.2蔷薇科SR家族的扩张24

3.3梨SR基因的表达模式分析及功能预测24

第三章全基因组关联分析解析砂梨的可变剪接变异27

1材料与方法27

1.1砂梨转录组SNP检测27

1.2转录本组装及相对表达量分析