拟南芥叶片和花蕾表达基因转录起始位点的研究.pdf

摘要

转录起始位点（Transcriptionstartsite，TSS）是5’非翻译区（Untranslatedregion，

UTR）对应到DNA序列上的首个碱基，是基因转录的重要位点。TSS上、下游各50bp

区间是核心启动子区域，是真核生物基因转录的主要调控区。因此TSS研究对阐明基因

的表达调控至关重要。本研究采用野生型拟南芥幼苗期叶片及抽薹期花蕾为材料，采用

脱帽-RNA接头法构建了两个组织的Cap-Seq文库（也称TSS文库），并采用CAGEr软

件对TSS进行定位、TSS聚类得到TC（Tagcluster，TC）、两个组织的consensuscluster，

进一步分析得到差异表达TSS，进而确定差异表达基因；本研究还发现了启动子移位现

象。主要研究结果如下：

（1）成功构建高质量的Cap-Seq文库。经高通量测序后，叶片和花蕾文库中分别

有92.80%和92.12%cleanreads比对到拟南芥基因组上，uniquelymappedreads占比高达

89.79%和88.93%；叶片文库中，“A”碱基在TSS位点占比高达65%，花蕾中占比高达

62%，与文献报道一致。

（2）TC分布特征及实验验证。应用CAGEr软件中“clusterCTSS”功能对TSSs

聚类得到TC，在叶片和花蕾中分别得到32597和33411个TC。位于5’UTR的TC数目

最多，占比高达46.94%-50.91%，随后依次为CDS、启动子、基因间隔区、内含子区和

3’UTR区。选取12个与官网注释的annotatedTSS距离不同的novelTC进行cap-switching

RACE实验验证，验证结果与Cap-Seq结果一致。这些TSS可以分为三类：基因的novel

TSS；新基因的TSS；对官网注释的annotatedTSS的纠正。此外，本研究发现有多个TC

同时定位到同一基因不同区域的情况，我们选取了1个基因进行cap-switchingRACE验

证。结果证实了一个基因上确实有多个TC存在。

（3）TC宽度特征及核心启动子序列motif分析。采用内分位数区间（q0.1-q0.9）

分析TC的宽度，以TCwidth20bp为界将TC分为“sharp”和“board”两类。结果表

明，在叶片和花蕾文库中尖峰型TC均占主要地位。对核心启动子序列进行motif分析，

结果显示尖峰型TC上游TATA-box高度富集，与基因的高水平表达相关。

（4）Consensuscluster分析，差异表达基因（DEGs）的鉴定和验证。将两个组织中

的TC使用“aggregateTagClusters”功能合并得到consensuscluster，进一步筛选出差异

TSS从而确定DEGs。对19个差异表达基因进行qRT-PCR验证，定量结果与Cap-Seq

检测到的趋势一致。GO功能显著性富集分析表明这些DEGs主要参与应激反应、代谢

过程、细胞过程。

（5）发现并验证了组织间启动子移位现象。以dominant_CTSS代表TC，利用CAGEr

软件中的“getShiftingPromoters”指令分析了叶片和花蕾组织间的启动子移位现象，共发

现49个基因发生了启动子移位现象。对其中的两个基因进行cap-switchingRACE验证，

结果证实了组织间存在启动子移位现象。

总之，本研究揭示了拟南芥幼苗期叶片及抽薹期花蕾两个组织中TSS的特征，为进

一步研究拟南芥组织间基因表达调控奠定了基础。

关键词：拟南芥，转录起始位点，核心启动子，启动子移位，转录调控

ABSTRACT

Thetranscriptionstartsite(TSS)isthefirstbaseontheDNAsequencecorresponding

tothe5′untranslatedregion(UTR).TSSisthekeysiteofagene,theregionlocatingfromits

upstream