生物信息学考核大纲.docx

生物信息学考核大纲

（Bioinformatics）

课程基本信息

课程编号课程学时：32

课程学分：2

一、课程的性质和地位

生物信息学课程是面向园艺、设施农业科学与工程、茶学专业的一门专业选修课程，与生物信息学实验实习课程配套。其主要任务是：使学生了解该课程的基本理论和框架，掌握相关生物信息学分析工具的应用，深入了解本学科发展方向及国际学术研究前沿；并具有能运用所学的理论和方法以及相关学科知识解决生命科学研究中实际问题的能力。

二、理论教学部分的考核目标

掌握生物信息学概念、专业术语及生物信息学研究内容；了解生物信息数据库，掌握数据库使用方法；掌握引物设计及测序原理与方法；掌握针对核酸序列、蛋白质序列的分析原理及方法；掌握系统发育分析的概念及方法。培养学生了解生物信息学知识体系，培养学生借助计算机、互联网及相关软件运用生物信息学理论、原理、方法分析、解决生命科学研究中实际问题的能力。通过课程学习，学生应具有扎实的生物信息学专业知识，了解生物信息学领域最新动态和发展趋势。掌握生物信息学基本分析原理及分析操作，并能正确解读分析结果的生物学含义。具有能够充分应用现代信息技术手段和工具解决生物学研究中实际问题的能力。该课程支撑本专业毕业要求的第2项、第3项、第4项。

第一章绪论

（一）学习目标

1.一般了解：生物信息学产生与发展

2.一般掌握：生物信息学的应用及学习方法

3.熟练掌握：生物信息学概念

（二）考核内容

生物信息学的定义，研究内容，发展历史，以及在生命科学研究中的作用

（三）考核要求

1.识记：生物信息学概念

2.领会：生物信息学研究内容，人类基因组计划的意义。

3.应用：生物信息学的科学方法和策略。

4.分析：大数据在动物植物育种和人类疾病防控中的作用。

5.综合：认识生物信息学和其它学科之间的关系。

6.评价：生物信息学课程在生命科学中的作用和意义。

第二章生物信息学常用数据库

（一）学习目标

1.一般了解：生物信息学常用数据库的种类

2.一般掌握：数据库的使用场景及其解决问题的方法

3.熟练掌握：生物信息学常用数据库的应用场景和主要功能

（二）考核内容

生物信息学常用数据库的种类、主要功能和应用场景

（三）考核要求

1.识记：生物信息学常用数据库的种类

2.领会：常用数据库解决问题的思路

3.应用：常用数据库的应用场景

4.分析：常用数据库的主要功能

5.综合：常用数据库解决生物学问题的方法

6.评价：不同数据库之间的优缺点

第三章序列比对与分析

（一）学习目标

1.一般了解：两条序列联配和多序列联配的算法。

2.一般掌握：序列比对的概念。

3.熟练掌握：BLAST、DNAMAN、Clustal工具。

（二）考核内容

在理解序列比对原理的基础上，通过比对基因序列，蛋白序列发现不同物种之前内在联系，具备发现基本科学问题和创新意识。

（三）考核要求

1.识记：基因同源性、蛋白相似性、保守功能域，motif

2.领会：同源性和相似性之间的联系。

3.应用：DNAMAN进行两序列比对分析、多序列比对分析。

4.分析：利用序列比对的方法解释物种进化关系。

5.综合：掌握从序列到进化树分析流程和相关软件。

6.评价：两序列比对和多序列比对结果的生物学意义。

第四章基因结构与功能注释

（一）学习目标

1.一般了解：生物信息学常用的基因注释工具

2.一般掌握：生物信息学常用基因注释工具的使用方法

3.熟练掌握：基因结构的主要组成部分

（二）考核内容

了解基因的结构及其分析方法，使用生物信息学方法解析基因的结构和功能。

（三）考核要求

1.识记：生物信息学常用的基因注释工具的种类

2.领会：基因注释工具的使用方法

3.应用：使用基因注释工具对基因结构和功能进行分析和注释

4.分析：基因结构的主要组成部分

5.综合：基因注释常用数据库的分类和功能

6.评价：熟练使用生物信息学工具注释基因功能

第五章高通量测序技术概要

（一）学习目标

1.一般了解：高通量测序技术的发展历程

2.一般掌握：第一代测序技术（双脱氧终止法，化学降解法）；第三代测序技术（tSMS、SMRT和Nanopore三种单分子信号检测技术）

3.熟练掌握：第二代测序技术（454测序技术，Solexa和Hiseq测序技术，SOLID测序技术），其中Illumina公司的Solexa和Hiseq测序技术的“边合成边测序”核心原理为重点学习内容。

（二）考核内容

1.高通量测序技术的发展现状

2.高通量测序技术的种类及技术原理

3.基因组重测序概念和流程

4.转录组测序（RNA-seq）概念和流程

5.染色质免疫共沉淀测序技术（ChIP-Seq）概念和流程

（三）考核要求

1.识记：高通量测序