5-基因检测方法及评价-宋昉合肥.pptx

基因功能

DNA序列剂量结构

RNA转录

RNA加工

RNA出核

蛋白翻译

肽链折叠装配

基因定义和功能

•定义：

–基因是遗传信息的基本单位，一般指位于染色体上编码一个特定功能产物的一段核苷酸序列

–46个基因载体：23对染色体

•功能：

基因基本信息

基因检测方法及应用策略

首都儿科研究所遗传研究室

宋昉

songf_558@263.net

海医会遗传咨询从业人员培训班

（2016.12.13合肥）

基因结构

剪接结构:(pre-mRNA)

经典剪接信号:GT-AG

剪接分支点：A

剪接调控元件：ESE、ESS、ISE、ISS

基因结构

基因结构：

外显子、内含子、启动子、增强子、转录信号、剪接信号、5’和3’非翻译区

2016/12/6

1

遗传检测技术

•序列变异-点突变

–测序（Sanger,二代）

–变性高效液相层析（DHPLC）

–高分辨融解曲线分析（HRM）

–多色荧光探针熔解曲线分析（MMCA）

–PCR-酶切

–等位基因特异性PCR（AS-PCR）

–mRNA逆转录PCR（RT-PCR）

–寡探针杂交（ASO）

–反向斑点杂交（RDB）

–单链构像多态性（SSCP）

•剂量变异-缺失/重复

–多重引物连接扩增（MLPA）

–实时荧光PCR

–染色体微阵列分析（CMA）

–MMCA

–多重PCR（MPCR）

–Southern印迹杂交

•多态性分析（STR、SNP）–STR

–SNP

–连锁分析

基因变异分类

基因变异（突变）的分类及相关检测方法

氨基酸编码

基因序列变异的检测技术

•测序

–Sanger测序

–二代测序

•PCR产物电泳检测

–限制酶酶切片段长度多态性（PCR-酶切)

–等位基因特异性PCR（AS-PCR）

–双重PCR、片段长度分析

•构象分析

–高分辨熔解曲线(HRM)、MMCA

–变性高效液相色谱(DHPLC)

–单链构象多态性（SSCP）

•寡核苷酸探针杂交（ASO）

–反向斑点杂交（RDB）–芯片

基因序列变异及致病性

无变异或一个基因/外显子缺失移码变异无义、剪接、错义、同义

一个/多个碱基缺失或插入单个碱基替换

•序列变异（碱基置换/缺失/插入）

–无义

–移码

–剪接

–错义

–同义

•剂量变异

–缺失

–增加

–拷贝数变异(≥1kb）

•结构变异

•其它变异

–插入

–动态突变

–倒位

–甲基化异常

–转换（conversion）

–插入-缺失（Indels）

变异

结局

功能影响

致病性

无义

终止密码

NMD导致mRNA降解、截短蛋白

致病性变异

移码

提前终止密码

NMD导致mRNA降解、截短蛋白

致病性变异

剪接

剪接位点或剪接元件

异常剪接，异常蛋白产物

致病性变异

错义

氨基酸替换

蛋白结构、剪接异常、多态性

致病性或非致病性变异

同义

氨基酸相同，剪接元件

剪接异常、多态性

致病性或非致病性变异

2016/12/6

2

等位基因特异性PCR（AS-PCR）

PCR-限制酶酶切片段长度多态性

PCR-RFLP

MPPaMaN1N2

测序技术比较

•特点：•应用策略

•一代测序：–金标准

–诊断技术，已知/未知突变

–靶向序列分析，通量低

–验证二代测序结果

•二代测序–通量高

–筛查技术，需要验证

–数据分析、报告解读

}}

–临床诊断较为明确

•临床有特异性表现

•医生识别力较高

–有靶向基因•基因小

•外显子少

–临床诊断有难度

•临床表型异质性高

•缺少特异性表现

•医生识别力有待提高

–基因复杂

•一病多个基因

•致病基因大

•外显子多

一代与二代测序

高分辨熔解曲线分析(HRM)

•原