生物信息学-课程教学大纲.docx

PAGE5

ADDINCNKISM.UserStyle《生物信息学》课程教学大纲

（理论课程）

一、课程基本信息

课程号

1223S00063

开课单位

生命科学学院

课程名称

（中文）生物信息学

（英文）Bioinformatics

课程性质

必修

考核类型

考试

课程学分

3

课程学时

51

课程类别

学科核心课

先修课程

《进化生物学》、《生物化学》、《遗传学》及《分子生物学》

适用专业（类）

生物信息学专业、生物信息学专业凤凰班

二、课程描述及目标

（一）课程简介

《生物信息学》课程是生物信息专业（类）的一门学科核心课程，旨在通过理论教学使学生掌握生物信息学基础知识、基本原理和基础算法，具备生物信息数据库检索、序列比对和数据分析的基本能力，为今后选择新兴交叉学科领域进行深造奠定基础。由于生物信息学学科发展迅速，本课程主要涉及生物信息学的基本概念，序列比对的经典算法，常见生物信息学数据库检索，经典生物信息分析软件的原理及使用，蛋白质和基因组结构预测等内容。

（二）教学目标

通过本课程学习，学生将掌握生物信息学基础知识、生物信息数据库的使用、生物信息工具的应用以及相关算法等方面的内容，及其在实际研究中的应用（包括基因序列信息分析、基因预测、分子进化及系统发育树和蛋白质结构预测等重要问题）。

课程目标1：掌握生物信息学的基础知识；

课程目标2：掌握序列比对的基本算法和原理；

课程目标3：了解常用核酸、蛋白等生物信息数据库的使用；

课程目标4：学习系统发生分析的基本算法和技术；

课程目标5：掌握蛋白质结构预测、基因预测和基因组比较相关生物信息学工具的使用。

三、课程目标对毕业要求的支撑关系

毕业要求指标点

课程目标

权重

1-3：掌握比较扎实的数学和物理、化学方面的基础理论知识，具有计算机及信息科学等方面的基础知识

课程目标1

20

1-4：掌握统计学、生物学、信息科学与技术等方面的基本知识和理论

课程目标2、3

30

2-2：具有综合运用所掌握的理论知识和技能，初步具备从事相关领域科学研究的能力

课程目标3

20

2-5：具备一定的计算机及信息技术应用能力

课程目标4

30

四、教学方式与方法

生物信息学以问题为导向的方式进行教学，以体现学生为主体、教师为主导的教学模式，多采用启发式、讨论式的教学方法，激发学生的学习积极性。主要使用多媒体，采取讲授和讨论相结合方式进行教学。

充分利用现代教育技术多媒体手段进行教学，理论联系实际，让学生通过实验更好的理解书本的知识。

五、教学重点与难点

（一）教学重点

1、生物序列比对的基本算法和原理

2、生物信息学数据库搜索算法

3、基因识别、蛋白质结构预测的原理及方法

4、系统发生分析的原理及方法

（二）教学难点

1、序列分析的生物学背景和序列比对的基本算法

2、核酸与蛋白质序列数据、数据库检索及参数选择与结果解读

3、进化分析与系统树构建

4、基因预测与基因组比较

5、蛋白质二级结构预测、空间结构分类与折叠识别。

六、教学内容、基本要求与学时分配

序号

教学内容

基本要求

学时

教学

方式

对应课程目标

1

第1章绪论

掌握生物信息学的概念与研究内容；

了解生物信息学发展简史和生物信息学研究的总趋势和重点领域；

3

讲授

课程目标1

2

第2章生物信息学的生物学基础

掌握生物信息学所需的生物学知识，理解这些生物学知识在生物信息学中的重要性；培养学生分析生物学现象的能力。

3

讲授

课程目标1

3

第3章生物信息学中的计算机基础

使学生对计算机原理有一个初步的了解和认识；熟练运用计算机。

9

讲授

课程目标1

4

第4章序列分析概述

掌握生物信息学中序列分析的应用原理；能够在实际操作过程中运用序列分析的方法。

3

讲授、演示

课程目标1、2

5

第5章序列两两比对

掌握序列的两两比对的原理；了解序列比对的相关内容；能够实际运用比对方法。

6

讲授与课堂讨论

课程目标1、2

6

第6章生物分子数据库

了解什么是数据库、数据库的分类以及各级数据库的特征和优缺点；理解核酸及相关数据库的特点及其应用；理解蛋白质及相关数据库的特点及应用

6

讲授

课程目标3、4

7

第7章数据库搜索

了解常用的数据库的搜索其原理；熟练掌握NCBI/EMBL/DDBJ/SWISS-PROT等常见数据库的使用方法。

6

讲授与演示

课程目3、4

8

第8章基因识别

掌握基因的特点；了解基因识别算法的原理；熟悉基因识别常用软件的使用。

6

讲授与演示

课程目标4

9

第9章蛋白质结构预测

掌握目前常用的蛋白质结构预测的方法；理解蛋白质结构预测的其基本原理。

6

讲授

课程目标4

10

第10章系统发生分析

了解系统发生定义，理解生物演化的规律，了解生物演化的主要思想，掌握生物系统重构的