基因组学理论课 原核生物基因组.ppt

生殖支原体（Mycoplasmagenitalium）

－－目前已知最小的细菌基因组：生殖支原体最早于1980年从两位男性病人的尿道中分离并发现的，近年来被生殖支原体的感染已很常见，主要通过未施保护的性传播途径扩散，致病机理尚不明确，可以使用普通抗生素治疗。Mycoplasmagenitalium：一个独立生存的细胞生命至少需要多少个基因582,970bp;482ORFs；37个RNA基因基因组构成：具有复制、转录和翻译必需基因具有DNA复制所必需的许多蛋白质具有转录有关的酶具有表达有关基因：一个rRNAoperon（16s－23s－5s），33个tRNA基因，全部氨基酰tRNA合成酶基因Mycoplasmagenitalium基因组构成DNA修复基因很少氨基酸和辅助因子生物合成相关基因极少能量代谢途径中有许多重要基因不存在：如厌氧代谢途径、电子传递链、ED途径、发酵、糖异生和三羧酸循环相关的基因全无脂肪酸和磷脂代谢基因很少调控基因极少Mycoplasmagenitalium支原体与流感嗜血杆菌的种间同源基因比较分析240个种间同源基因＋22个非种间同源基因－6个功能重复或专营寄生的基因=256个基因除7个DNA复制必需的基因外，绝大多数基因都在真核生物和古细菌中找到同源基因VS2大肠埃希菌的基因组EscherichiacoliK12-MG1655(非致病)EscherichiacoliO157:H7(sakai)（肠出血）EscherichiacoliO157:H7EDL933EscherichiacoliUPEC-CFT073（泌尿系统致病）大肠埃希菌基因组的基本特性K-12UPEC(CFT073)O157:H7(EDL933)Genomelength4,639kb 5,231kb5,498kbORFs4,2885,5335,361GC%50.80% 50.47%50.46%tRNAs8689103rRNAs(16s-23s-5s)7 77SharedE.coliproteins.ComparisonoftheproteinsofthethreeE.colistrainsshowsthenumberoforthologsineachsharedcategoryandnumbersofstrain-specificproteins.Hypervariableproteinsandproteinsspanningisland-backbonejunctionswereexcludedfromtheanalysis.3沙门氏菌的基因组分析沙门氏菌(Salmonella)分类学上属于变形菌门(phylum)，gamma变形菌纲(class)、肠杆菌目(order)、肠杆菌科(family)，沙门氏菌属(genus)，革兰氏染色后呈阴性。沙门氏菌病是公共卫生学上具有重要意义的人畜共