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?Human4xHuman4x+2xRice4.2xUn-maskedPhrap???Maxmemoryuse[Gb]3.085xxComputertime[hrs]48xxNumberofcontigs2703xxN50contigsize[Kb]7.05xxPhraperrorestimate0.099%(0.086%)xxBACdiscrepancies0.066%(0.063%)xxContigmis-assembly5.77%xx?Human4xHuman4x+2xRice4.2xRepeat-maskedPhrap???Maxmemoryuse[Gb]0.6141.04050Computertime[hrs]1.83.479Numberofcontigs35362219167975N50contigsize[Kb]5.3511.123.41Phraperrorestimate0.091%(0.130%)0.043%(0.096%)0.129%(0.145%)BACdiscrepancies0.077%(0.076%)0.044%(0.059%)0.52%(0.78%)Contigmis-assembly0.51%0.68%0.71%人与水稻基因组中重复序列分布的差别Contigs:127,550
(N50=6,688bp)1Scaffolds:102,4443Quality:2(N50=11,764bp)4546bpatQ20北京大学生物信息中心科学院北京基因组研究所李松岗基因组DNA切成大片段构建BAC文库挑选构建小片段shotgun文库测序组装BAC序列组装基因组序列分级鸟枪法(BACTOBAC)基因组DNA构建不同长度shotgun文库测序组装基因组序列全基因组鸟枪法两种测序策略基因组测序与组装示意图A优点：组装被局限在BAC的范围内，受重复序列影响小，对计算能力要求不高；B缺点：需要大量前期生物学研究工作，效率低，成本高。基于BAC方法的优缺点A优点：不需要生物学前期准备，速度快，成本低；B缺点：组装是在全基因组范围内进行，数据量大，易产生错拼；对计算机软硬件要求均高。全基因组鸟枪法优缺点能充分利用正反向测序的配对信息,避免重复序列造成的错误拼接能处理数以百万甚至千万计的数据程序并行化高效率比对对拼接软件的要求010204毛细管测序仪的普遍使用计算机能力的迅速提高能够采用全基因组鸟枪法的关键技术进步：HierarchicalShotgun(HS)WholeGenomeShotgun(WGS)…thesequencingofthehumangenomeislikelytobetheonlylargesequencingprojectcarriedtocompletionbythemethodsdescribedinthisissue.MaynardV.Olson,Themaps:Clonebyclonebyclone,Nature409,816-818(2001)Shotgun法序列拼接Mis-Assembly(Inverted)01LowBaseQuality02SingleStrandedRegion03SequenceGap04Consensus鸟枪法测序数据的组装1鸟枪法文库：目标基因组一定长度随机片段克隆的集合。2正反向测序对：从同一个克隆片段两端分别测序所得到的一对序列。.3插入片段长度：克隆载体中插入的外源DNA片段长度。4片段连接群(contig)：用识别互相重叠的方法对测序数据进行拼接的结果。.5Scaffold:用正反向测序对连接的非重叠片段连接群。6LW-洞：由于没有测序数据覆盖而在组装结果中留下的洞。7术语覆盖度：基因组被测序数据覆盖的次数。深度：一段DNA序列在鸟枪法测序数据集中出现次数。例如一个转座
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