分子生物网络分析(崔颖)复习题.pptVIP

分子生物网络分析

复习题教师：崔颖办公室：外语学馆412室E-mail:cuiying204@163.com第0章引言名词解释：网络、网络科学、分子生物网络简答题：网络科学的子学科包括哪些？美国宾夕法尼亚州立大学教授Albert在报告中介绍了在网络科学和系统生物学交叉领域的3个重大研究课题是什么？生物网络主要研究的基本性质？生物分子网络的分类？第1章生物分子网络基础一、名词解释：复杂网络、直径、平均路径长度、聚类系数、介数、紧密度、拓扑系数、度的分布函数、聚类系数的连通度函数、随机图理论。二、简答题：1.哪些生物分子网络通常是无向网络？2.如何通过网络拓扑属性分析节点在网络中的作用？3.什么是中心（hub)节点？生物分子网络中的中心节点有什么特点？4.网络中的弱连接和强连接都分别有什么作用？5.复杂网络的复杂性主要表现在哪几个方面？6.什么是度分布，通常有几种度分布函数，请举例说明。第1章生物分子网络基础三.计算：1.计算下图D点的拓扑属性2.计算网络的拓扑属性。3.计算图中BD边的介数。4.计算图中点D的介数。5.请指出图中的中心节点。6.给出图的度分布情况。图DEGCFABH第2章网络拓扑基本模型及其性质一.名词解释1.全局耦合网络；2.最近邻耦合网络；3.星形网络；4.均匀网络；5.无标度网络；6.随机网络；7.鲁棒性；8.脆弱性；9.设计网络；10.演化网络；11.马太效应；12.分形几何；13.适应度；14.模块；15.模体；16.等级网络；17.超家族；18.自相似性；第2章网络拓扑基本模型及其性质二.简答题1.规则网络的分几种类型？每种类型网络的平均路径长度、聚类系数，度分布都有哪些特点？2.随机网络图具有的性质？随机网络模型的拓扑特点？3.典型的小世界网络模型有哪些？并比较它们之间的网络拓扑属性的异同？4.无标度网络的拓扑属性？5.比较无标度网络与随机网络模型。6.Barabási和Albert提出了一个无标度网络模型，现在称为BA模型考虑到实际网络的两个重要特征。7.BA无标度网络的构造算法？第2章网络拓扑基本模型及其性质8.BA模型存在两点不明确的缺点是什么？9.适应度模型的构造算法？10.局域世界演化网络模型的构造算法？11.模块迭代方法？12.WS小世界模型构造算法？13.NW小世界模型构造算法？14.如何判断网络子图为模体？15.等级网络构造算法16.自相似性的特点？17.什么是盒子计数法？18.什么是重整化过程？第2章网络拓扑基本模型及其性质三.计算题1.初始网络含有4个节点，一条边，经过9步,构造BA模型，即m0=4,m=3,t=9.2.某随机网络含有节点数N=10，P值分别为：0，0.1，0.2，0.4请给出随机化演示过程。3.用WS小世界模型构造一个网络，其网络含有10个节点，P=0.25.4.计算超家族中的子图性质。5.构造等级网络.6.盒计数法求维数。7.盒计数法推广算法求网络分割。8.重整化网络计算。四.专业英语发现生物网络并应用网络图的典型案例.1生物学面临的新挑战是什么？2人类基因组计划为分子网络的发展带来了新的机遇，促进了哪些网络的快速发展？3分子生物网络的基本特征是什么？4如何理解分子生物网络的度的负相关性？5如何理解分子生物网络的超小世界性？6生物分子网络大致上分成哪四个层次？7分子生物网络的构建方法有哪几种？8简答题：第3章生物网络特征及分类第4章基因调控网络及其模型名词解释：基因调控网络、2.正向工程、逆向工程、3.布尔网络模型、4.系统生物学、5.点吸引子，动态吸引子、6.有向图模型、有向超图模型、7.线性组合模型、8.加权矩阵模型、9.互信息关联模型、10.基序、11.模块、12.前馈环、13.反馈环第4章基因调控网络及其模型二.简答题：1.基因调控网络的研究内容是什么?2.传统遗传学假说?3.基因调控网络的组成？4.基因的表达是可控制及多层次的，主要有哪4个调控层次。5.从生物网络的观点来看，GRN包括哪6种控制节点，并绘制基因调控网络控制节点图。6.基因调控网络的节点包括哪些？7.目前常见的基因调控网络包括哪些模型？8.生物网络的研究主要分为哪两类，研究内容都是什么？9.布尔网络的稳定状态分为哪些，布尔网络模型有哪些优点和缺点？10.布尔网络在基因调控网络中的主要应用体现在哪几个方面？11.布尔网络模型具有哪4个特点？第4章基因调控网络及其模型12.请详细介绍有向图模型。13.连续网络模