结构生物学大分子模拟.ppt

多肽链中的各个肽平面围绕同一轴旋转，形成螺旋结构，螺旋一周，沿轴上升的距离即螺距为0.54nm,含3.6个氨基酸残基；两个氨基酸之间的距离为0.15nm;肽链内形成氢键，氢键的取向几乎与轴平行，第一个氨基酸残基的酰胺基团的-CO基与第四个氨基酸残基酰胺基团的-NH基形成氢键。蛋白质分子为右手?-螺旋。?-螺旋第23页，共69页，星期日，2025年，2月5日?螺旋■?-螺旋的末端是极性的，通常位于蛋白质分子的表面。?-螺旋在蛋白质分子中的长度变化很大，可以从4个到40个不等。■在蛋白质分子结构中观察到?-螺旋几乎都是右手螺旋，短的左手螺旋偶尔也会出现。■?-螺旋中的氢键均指向相同的方向。总体效应是产生一个有意义的净偶极。?-螺旋的氨基端可提供部分正电荷，羧基端可以提供部分负电荷。■不同的氨基酸残基对于?-螺旋有着倾向性的偏好和厌恶。■?-螺旋在蛋白质分子中的分布是有倾向性的。第24页，共69页，星期日，2025年，2月5日?螺旋?-螺旋中的氢键均指向相同的方向，即肽单位沿螺旋轴处于相同的取向。由于肽单位有来自不同的NH和C＝O基团的偶极运动，这些偶极运动也是沿着螺旋轴的方向，总体效应是产生一个有意义的净偶极。?-螺旋的氨基端可提供部分正电荷，羧基端可以提供部分负电荷，这些电荷可以攻击反电荷的配基。带负电荷的配基尤其当它们包含磷酸基团时，通常结合到?-螺旋的氨基端。这样的配基相互作用在蛋白质结构中是比较常见的。第25页，共69页，星期日，2025年，2月5日?螺旋除了脯氨酸外，?-螺旋中的所有氨基酸残基的侧链均处于螺旋的外侧。由于脯氨酸主链的环状结构，往往引起?-螺旋的有意义的弯曲。当然，并非所有的?-螺旋的弯曲都是由于脯氨酸残基的存在。不同的氨基酸残基对于?-螺旋有着倾向性的偏好和厌恶：Ala,Glu,Lue,Met等对?-螺旋有着倾向性的偏好，Pro,Gly,Ser等倾向于不参加?-螺旋。第26页，共69页，星期日，2025年，2月5日?回折第27页，共69页，星期日，2025年，2月5日?-折叠?-折叠是由两条或多条几乎完全伸展的肽链平行排列，通过链间的氢键交联而形成的。肽链的主链呈锯齿桩折叠构象在?-折叠中，?-碳原子总是处于折叠的角上，氨基酸的R基团处于折叠的棱角上并与棱角垂直，两个氨基酸之间的轴心距为0.35nm；?-pleatedsheet第28页，共69页，星期日，2025年，2月5日?-折叠结构的氢键主要是由两条肽链之间形成的；也可以在同一肽链的不同部分之间形成。几乎所有肽键都参与链内氢键的交联，氢键与链的长轴接近垂直。?-折叠有两种类型。一种为平行式，即所有肽链的N-端都在同一边。另一种为反平行式，即相邻两条肽链的方向相反。?-折叠第29页，共69页，星期日，2025年，2月5日?-sheets?-sheetsfulfillthehydrogenbondingpotentialofthemain-chainatoms,exceptattheedges.Adjacentstrandsareusuallycloseinsequence.Properties:DistancebetweenCasis~3.6?inanextendedstrandDistancebetweenstrands~4.6?Strandsarenotflat.Theyhaveacharacteristicright-handedtwistHowaresheetsdefined?Antiparallelb-sheetParallelb-sheet第30页，共69页，星期日，2025年，2月5日反平行?回折平行?回折蛋白质分子的另一种主要结构成分是?回折，这种结构是蛋白质分子中若干段区域的称为?-链的多肽链形成的。在?回折中，?-链处于伸展状态，一条链的C＝O与另一条链的NH形成氢键。?-链可以有两种方式形成?回折：一种是所有的?-链均具有相同的方向(平行?回折)，另一种是相互靠近的两条?-链具有相反的方向(反平行?回折)。除了位于两侧的?-链外，所有肽链上的C＝O基团和NH基团均形成了氢键。?回折第31页，共69页，星期日，2025年，2月5日?回折?回折也可以混合的平行和反平行的形式存在。几乎所有的?回折，不管是平行的、反平行的、或者是混合的，均存在着链的扭曲，这种扭曲通常大部分是右手的。E.colithioredoxinAgkistrodonacu