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西南农业学报2025年38卷3期

498SouthwestChinaJournalofAgriculturalSciencesVol.38No.3

引用格式：

付文婷，吴迪，王楠艺，涂祥敏，黄冬福，杨万荣，何建文，黄灯笼辣椒叶绿体基因组特征分析[J].

FuWT,WuD,WangNY,TuXM,HuangDF,YangWR,HeJW.CharacteristicsofchloroplastgenomeofCapsicumchinenseJacq.[J].SouthwestChi-

naJournalofAgriculturalSciences,2025,38(3):498-506.D01:10.16213/j.cnki.scjas.2025.3.007.

黄灯笼辣椒叶绿体基因组特征分析

付文婷，吴迪,王楠艺,涂祥敏,黄冬福,杨万荣,何建文

（贵州省农业科学院辣椒研究所，贵阳550006）

摘要：【目的】解析黄灯笼辣椒叶绿体全基因组序列，为该物种鉴定和遗传多样性及新品种选育与利用提供理论依据。【方法】

采用高通量测序技术对黄灯笼辣椒（CapsicumchinenseJacq.）的叶绿体（Chloroplast,cp）基因组进行测序、组装和注释，并与来源

NCBI网站的15个辣椒属和5个番茄、马铃薯、枸杞、龙葵及烟草近似物种的叶绿体基因组序列进行系统发育分析，研究黄灯笼辣

椒叶绿体基因组特征。【结果】黄灯笼辣椒叶绿体基因组长度为157145bp,GC和AT含量分别是37.7%和62.3%，具有典型的四

分体结构，基因组注释得到132个基因，包含87个编码蛋白质基因,37个编码tRNA和8个编码rRNA基因。黄灯笼辣椒cpDNA

密码子偏爱以A/U结尾，编码亮氨酸的密码子数量最多（2454个），占总密码子数的10.67%，编码半胱氨酸的数量最少（255个），

占1.11%；鉴定出112个简单重复序列（Simplesequencerepeats，SSR），发现黄灯笼SSR偏好使用A和T碱基，其中单核苷酸重复

占比最高，达63.39%。黄灯笼辣椒与13个辣椒属的叶绿体基因组反向重复（Invertedrepeat,IR）边界区域相当保守，黄灯笼辣椒

与其他13个辣椒属均有2个基因位于IR区边界处，分别是JLB的rps19和JSA的ycfl，无明显的扩张或收缩；系统发育分析表明，

黄灯笼辣椒与下垂辣椒的2个变种C.baccatumvar.praetermissum和C.baccatumvar:pendulum亲缘关系最近。【结论】本研究探明

了黄灯笼辣椒叶绿体基因结构特征，揭示了其与其他茄科近缘种植物系统发育关系，为进一步深入研究黄灯笼辣椒种质资源保

护、杂交育种与开发利用及开展辣椒属的进化、物种鉴定和遗传多样性研究奠定了理论基础。

关键词：黄灯笼辣椒；叶绿体基因组；简单重复序列；密码子偏好性；系统发育

中图分类号：S641.3文献标志码：A文章编号：1001-4829(2025)3-0498-09

CharacteristicsofchloroplastgenomeofCapsicumchinenseJacq.

FUWen-ting,WUDi,WANGNan-yi,TUXiang-min,HUANGDong-fu,YANGWan-rong,HEJian-wen

(InstituteofPepper,GuizhouAcademyofAgriculturalSciences,Guiyang550006,China)

Abstract: