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生物催化过程的多维度代谢网络关联分析

目录

一、内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

1.4技术路线与创新点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

二、生物催化过程理论基础．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.1生物催化机制解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.2关键酶与辅因子特性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

2.3底物-产物转化动力学．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

2.4催化效率优化策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

三、代谢网络构建与数据采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

3.1代谢网络模型构建方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

3.2多组学数据整合技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

3.3实验数据与数据库资源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

3.4数据预处理与质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

四、多维度代谢网络关联分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

4.1网络拓扑结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

4.2代谢通量平衡模型．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

4.3关键节点识别算法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

4.4时序动态关联建模．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48

五、生物催化过程的网络特征解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49

5.1催化路径的关键调控节点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50

5.2代谢分支与竞争机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53

5.3环境因素对网络的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54

5.4网络鲁棒性与适应性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．56

六、案例研究与验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．60

6.1典型生物催化体系选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．61

6.2网络构建与模拟结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．63

6.3实验验证与对比分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．67

6.4优化策略的实践应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．69

七、讨论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．71

7.1研究结果的科学意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．74

7.2方法论的局限性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．76

7.3未来研究方向．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．77

7.4产业化应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．80

八、结论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．81

8.1主要研究总结．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．83

8.2理论与实践贡献．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．